Я пытаюсь запустить автономный ncbi-blast-2.2.29+ на своей машине (Mac), но получаю это сообщение об ошибке при запуске blastx (или blastn) с моей базой данных:
No alias or index file found for nucleotide database [db/viral.1.1.genomic] in search path [~/Users/KK/ncbi-blast-2.3.0+/Virus::]
Как я его запускаю:
blastn -query input.fasta -out out.blast.txt -db db/viral.1.1.genomic
Мой рабочий каталог ~/Users/KK/ncbi-blast-2.3.0+/Virus, и есть подкаталог db (~/Users/KK/ncbi-blast-2.3.0+/Virus/db) и db. имеет вирусный.1.1.геномный.phr, вирусный.1.1.геномный.пин, вирусный.1.1.геномный.pnd, вирусный.1.1.геномный.pni, вирусный.1.1.геномный.pog, вирусный.1.1.геномный.psd, вирусный .1.1.геномный.psi, вирусный.1.1.геномный.psq, вирусный.1.1.геномный.fasta. и я сделал все эти файлы с помощью этой командной строки
makeblastdb -in viral.1.1.genomic.fasta -out viral1.1.genomic -dbtype prot -parse_seqids
Я просто не знаю, почему я продолжаю получать сообщение об ошибке, в котором говорится, что псевдоним или индексный файл не найден. Я читал другие подобные вопросы, опубликованные другими, но, похоже, не нашел ответа на мою проблему. И я пробую другие tblast и blastx, и оба они возвращают аналогичную ошибку, за исключением того, что вместо нуклеотидной базы данных говорится о белковой базе данных.
