Когда мне следует конкатировать приложение Angular2 в отличие от подхода SystemJS?

В основном это зависит от поддержки браузера.

Старый способ, до http2, заключался в объединении всего в один большой файл. Теперь, когда у нас есть http2, больше нет необходимости в зависимости от того, какие браузеры и серверы вы используете.

Обратите внимание, что сервер должен быть настроен на http2, если вы обслуживаете много файлов, но и nginx, и apache (с mod_http2) поддерживают http2, так что все должно быть в порядке.

Поддержка браузера: ~70% согласно Можно ли использовать.