Использование цикла for с qsub для отправки пакетных заданий

Могу ли я посоветовать, как я могу использовать цикл for для файлов qsub для отправки пакетных заданий?

На данный момент это работает только в том случае, если я отправлю один файл для отправки задания с помощью команды:

qsub -v /path/to/file.txt script.sh

Однако, если я запускаю цикл for через файлы, используя следующие команды:

files=`pwd`/*pattern* (#This gives a list of files containing a certain common title)

for i in $files;
do
qsub -v $i script.sh
done

Это всегда отклоняется с ошибкой, что файл .txt не был предоставлен.

Я дважды проверил, предоставляет ли $i из цикла for правильный файл .txt, выполнив:

for i in $files;
do
echo $i
done

и это работает нормально. Таким образом, я не уверен, почему цикл for с qsub не работает. Могу ли я получить совет о том, как я могу изменить код, чтобы заставить его работать?

Спасибо.


person LiveNKicking    schedule 02.01.2016    source источник


Ответы (1)


Использование -v требует, чтобы вы дали переменной имя: qsub -v filepath=$i script.sh, где вы можете получить доступ к пути к файлу внутри script.sh с помощью $filepath.

person jonaslb    schedule 03.03.2016