адонис в веганском: порядок переменных или использование страт

Я использую функцию горицвета в вегане, чтобы определить, 1) различаются ли сосуществующие виды-хозяева по своему микробному сообществу на нескольких участках, и 2) различаются ли участки. Я изучил все сообщения о CV и SO, и нет четкого ответа на вопрос, как определить значимость нескольких факторов с помощью функции Адониса.

Сначала я сделал это, как было предложено Веганский адонис с несбалансированным дизайном типа SS II или III:

## where jacc is a dissimilarity matrix using the jaccard metric
adonis <- adonis(jacc ~ Species + Site, data = df_compare)

# Call:
# adonis(formula = jacc ~ Species + Site, data = df_compare) 
# 
# Permutation: free
# Number of permutations: 999
# 
# Terms added sequentially (first to last)
# 
#           Df SumsOfSqs MeanSqs F.Model      R2 Pr(>F)    
# Species    2    0.6055 0.30273  1.7690 0.04981  0.004 ** 
# Site       4    2.1378 0.53445  3.1231 0.17587  0.001 ***
# Residuals 55    9.4122 0.17113         0.77432           
# Total     61   12.1554                 1.00000           
# ---
# Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

Затем обратный порядок

adonis_2 <- adonis(jacc ~ Site + Species, data = df_compare)

# Call:
# adonis(formula = jacc ~ Site + Species, data = df_compare) 
# 
# Permutation: free
# Number of permutations: 999
# 
# Terms added sequentially (first to last)
# 
#           Df SumsOfSqs MeanSqs F.Model      R2 Pr(>F)    
# Site       4    2.4385 0.60962  3.5623 0.20061  0.001 ***
# Species    2    0.3048 0.15238  0.8904 0.02507  0.716    
# Residuals 55    9.4122 0.17113         0.77432           
# Total     61   12.1554                 1.00000           
# ---
# Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

Но я не знаю, как это интерпретировать, потому что порядок имеет значение, и я не совсем уверен, есть ли различия между видами.

После некоторых поисков я решил использовать strata.

Я думаю, что это говорит о том, различаются ли совместно встречающиеся виды, когда вы сравниваете виды только в одних и тех же местах.

species_adonis <- adonis(jacc ~ Species, strata = df_compare$Site, data = df_compare)

# Call:
# adonis(formula = jacc ~ Species, data = df_compare, strata = df_compare$Site) 
# 
# Blocks:  strata 
# Permutation: free
# Number of permutations: 999
# 
# Terms added sequentially (first to last)
# 
#           Df SumsOfSqs MeanSqs F.Model      R2 Pr(>F)
# Species    2    0.6055 0.30273  1.5464 0.04981  0.335
# Residuals 59   11.5500 0.19576         0.95019       
# Total     61   12.1554                 1.00000  

Затем, чтобы задать вопрос о сайте, я использовал виды в блокировке

Я думаю, это говорит о том, различаются ли сайты, когда вы сравниваете только одни и те же виды.

site_adonis <- adonis(jacc ~ Site, strata = df_compare$Species, data = df_compare)

# Call:
# adonis(formula = jacc ~ Site, data = df_compare, strata = df_compare$Species) 
# 
# Blocks:  strata 
# Permutation: free
# Number of permutations: 999
# 
# Terms added sequentially (first to last)
# 
#           Df SumsOfSqs MeanSqs F.Model      R2 Pr(>F)    
# Site       4    2.4385 0.60962  3.5761 0.20061  0.001 ***
# Residuals 57    9.7169 0.17047         0.79939           
# Total     61   12.1554                 1.00000           
# ---
# Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

Мой вывод состоит в том, что микробное сообщество данного вида различается в разных местах, но микробное сообщество не различается среди видов-хозяев.

Верен ли мой подход или я неправильно истолковываю использование страт (т.е. блокировку)?

Или есть способ как-то усреднить p-значения по двум тестам, когда я поменял порядок переменных?