Как исправить предварительно выделенную матрицу для функции parfor в Matlab?

Я хочу парализовать цикл for в Matlab. Я использую для этого функцию parfor, но получаю сообщение об ошибке из-за того, как я использовал переменную внутри цикла. кто-нибудь поможет мне исправить это. Я новичок в матлабе. Вот часть моей попытки.

Вот часть проблемной части:

CV_err=zeros(length(gamma), (Num_Tasks + 1));

parfor k=1:length(gamma)

#block of code

#
CV_err(k,1:Num_Tasks)= sum(In_Fold_Error)./size(In_Fold_Error,1);
CV_err(k,Lambda_location)= Lambda;
CV_err(k,(Num_Tasks +2))= sum(CV_err(k,1:Num_Tasks))/Num_Tasks;
end

Ошибка: цикл parfor не может быть запущен из-за того, как используется CV_err. CV_err индексируется по-разному, потенциально вызывая зависимости

Кажется, что действительные индексы ограничены в parfor .


matlab parallel-processing parfor
person user51661    schedule 14.12.2015    source источник
comment
Можете ли вы опубликовать фактическое сообщение об ошибке, пожалуйста? Одна верная вещь уже заключается в том, что вы пытаетесь написать что-то в CV_err(k,(Num_Tasks +2)), хотя вы определили только его 2-е измерение как длинуNum_tasks+1   -  person BillBokeey    schedule 14.12.2015
comment
вы for loop в настоящее время парализованы   -  person GameOfThrows    schedule 14.12.2015
comment
Я знаю, но не работает.   -  person user51661    schedule 14.12.2015

Ответы (2)


arrow_upward
2
arrow_downward

Пока ваша переменная нарезана, вы обращаетесь только к k-й строке в k-й итерации, анализатор кода этого не понимает. Помогите немного матлабу, сначала поместите все данные в вектор, а потом запишите все сразу в переменную sliced.

CV_err=zeros(length(gamma), (Num_Tasks + 2));
parfor k=1:length(gamma)

%block of code

%
  temp=zeros(1,(Num_Tasks + 2));
  temp(1,1:Num_Tasks)= sum(In_Fold_Error)./size(In_Fold_Error,1);
  temp(1,Lambda_location)= Lambda;
  temp(1,(Num_Tasks +2))= sum(temp(1,1:Num_Tasks))/Num_Tasks;
  CV_err(k,:)=temp;
end

Ограничение объясняется в документации:

Форма индексации. В списке индексов для срезанной переменной один из этих индексов имеет вид i, i+k, ik, k+i или ki, где i — переменная цикла, а k — константа или простая (неиндексированная) широковещательная переменная; а любой другой индекс является скалярной константой, простой широковещательной переменной, вложенным индексом цикла for, двоеточием или концом.

Источник

person Daniel    schedule 14.12.2015

arrow_upward
1
arrow_downward

Чтобы исправить предварительное выделение, не делайте предварительное выделение. Вы просто говорите MATLAB, как он должен разделить работу между работниками; parfor это не нравится.

Ответ таков: не заставляйте циклы менять общие переменные, записывайте свои результаты отдельно, выращивайте массивы ячеек вместо матриц, т.е.

    clear CV_err;

    parfor k=1:length(gamma)
            %// here your other code
            this_CV_err                  = zeros(Num_Tasks+2,1);
            this_CV_err(1:Num_Tasks)     = sum(In_Fold_Error)./size(In_Fold_Error,1);
            this_CV_err(Lambda_location) = Lambda;
            this_CV_err(Num_Tasks+2)     = mean(this_CV_err(1:Num_Tasks));
            CV_err{k} = this_CV_err;
    end;
person Community    schedule 14.12.2015
comment
Ну, если я его заранее не выделю, то на каждой итерации он будет копипастить в разные места памяти и будет тормозить. - person user51661; 14.12.2015
comment
@ user51661 вы делаете предположения, которые не обязательно верны в многоузловых/параллельных вычислениях. Предположим, что вы выделяете память для результата на одной машине, а рабочий процесс, решающий итерацию k, находится на другой машине. Вы все еще верите, что вычисления с одной машины в памяти другой машины — это быстро? Вы действительно думаете, что запись и чтение байтов по сети быстрее, чем вычисление всего в памяти, а затем отправка только результата? - person ; 14.12.2015
comment
@CST-Link: вам необходимо предварительно выделить this_CV_err, иначе между итерациями возникнет зависимость. this_CV_err=zeros(Num_Tasks +2,1); внутри цикла parfor. - person Daniel; 14.12.2015
comment
@ Даниэль Ты прав, я исправил свой ответ. Спасибо, что заметили это. - person ; 14.12.2015