Наложение различных линий в R с помощью ggplot facet_wrap

Я пытаюсь создать набор графиков плотности, показывающих разницу в распределении уровней экспрессии для двух наборов генов в четырех типах клеток. В дополнение к графикам плотности я хотел бы, чтобы средний уровень экспрессии для обеих групп накладывался на каждый график. Основываясь на ответах на несколько похожих вопросов, я смог получить правильные графики ИЛИ правильные медианы, но не то и другое одновременно. У меня нет идей, и я надеюсь, что кто-то меня поправит. Спасибо!

Примеры данных доступны здесь: https://github.com/adadiehl/sample_data/blob/master/sample.data

Первая попытка. Строит правильные графики, но для всех четырех построены одинаковые медианы:

dat = read.table("sample.data")

g = ggplot(dat[which(dat$FPKM > 0),], aes(x = FPKM))
g = g + geom_density(aes(y = ..density.., group = class, color = class, fill = class), alpha=0.2)
g = g + geom_vline(data=dat, aes(xintercept = median(dat$FPKM[ which(dat$FPKM > 0 & dat$class == "Other") ]) ), colour="turquoise3", linetype="longdash")
g = g + geom_vline(data=dat, aes(xintercept = median(dat$FPKM[ which(dat$FPKM > 0 & dat$class == "a_MCKG") ]) ), colour="tomato1", linetype="longdash")
g = g + facet_wrap(~source, ncol=2, scales="free")
g = g + ggtitle("Distribution of FPKM, MCKG vs. Other")
g = g + xlab("FPKM > 0")

Вторая попытка: правильные графики, но размещение всех медиан на всех графиках:

dat = read.table("sample.data")
vline.dat = data.frame(z=levels(dat$source), vl=tapply(dat$FPKM[which(dat$class != "a_MCKG" & dat$FPKM > 0)], dat$source[which(dat$class != "a_MCKG" & dat$FPKM > 0)], median), vm=tapply(dat$FPKM[which(dat$class == "a_MCKG" & dat$FPKM > 0)], dat$source[which(dat$class == "a_MCKG" & dat$FPKM > 0)], median))

g = ggplot(dat[which(dat$FPKM > 0),], aes(x = FPKM))
g = g + geom_density(aes(y = ..density.., group = class, color = class, fill = class), alpha=0.2)
g = g + facet_wrap(~source, ncol=2, scales="free")
g = g + geom_vline(data=vline.dat, aes(xintercept = vl), colour="turquoise3", linetype="longdash")
g = g + geom_vline(data=vline.dat, aes(xintercept = vm), colour="tomato1", linetype="longdash")
g = g + facet_wrap(~source, ncol=2, scales="free")
g = g + ggtitle("Distribution of FPKM, MCKG vs. Other")
g = g + xlab("FPKM > 0")

Третья попытка: все графики одинаковы, но имеют правильные медианы.

dat = read.table("sample.data")
vline.dat = data.frame(z=levels(dat$source), vl=tapply(dat$FPKM[which(dat$class != "a_MCKG" & dat$FPKM > 0)], dat$source[which(dat$class != "a_MCKG" & dat$FPKM > 0)], median), vm=tapply(dat$FPKM[which(dat$class == "a_MCKG" & dat$FPKM > 0)], dat$source[which(dat$class == "a_MCKG" & dat$FPKM > 0)], median))

g = ggplot(dat[which(dat$FPKM > 0),], aes(x = FPKM))
g = g + geom_density(aes(y = ..density.., group = class, color = class, fill = class), alpha=0.2)
g = g + facet_wrap(~source, ncol=2, scales="free")
g = g + geom_vline(data=vline.dat, aes(xintercept = vl), colour="turquoise3", linetype="longdash")
g = g + geom_vline(data=vline.dat, aes(xintercept = vm), colour="tomato1", linetype="longdash")
g = g + facet_wrap(~z, ncol=2, scales="free")
g = g + ggtitle("Distribution of FPKM, MCKG vs. Other")
g = g + xlab("FPKM > 0")

r plot ggplot2 facet-wrap
person user3396385    schedule 07.12.2015    source источник
comment
образцы данных не имеют заголовков. Какой столбец является каким?   -  person jeremycg    schedule 07.12.2015
comment
Извини за это. Исправил файл на git. Вы можете использовать это, чтобы исправить их прямо в R: colnames(dat) = c("FPKM","class","source")   -  person user3396385    schedule 07.12.2015

Ответы (1)


arrow_upward
0
arrow_downward

Передача предварительно обобщенных данных - это лучший способ:

library(plyr)

names(dat) <- c("FPKM", "class", "source")
dat2 <- subset(dat, FPKM > 0)

ggplot(dat2, aes(x = FPKM)) + 
  geom_density(aes(y = ..density.., group = class, color = class, fill = class), alpha=0.2) +
  geom_vline(data = ddply(dat2, .(source, class), summarize, mmed = median(FPKM)),
             aes(xintercept = mmed, color = class)) +
  facet_wrap(~ source, ncol = 2, scales = "free") +
  ggtitle("Distribution of FPKM, MCKG vs. Other") +
  xlab("FPKM > 0")

В качестве альтернативы вы можете добиться того же с базой R:

dat3 <- aggregate(FPKM ~ source + class, data = dat2, FUN = median)

ggplot(dat2, aes(x = FPKM)) + 
  geom_density(aes(y = ..density.., group = class, color = class, fill = class), alpha=0.2) +
  geom_vline(data = dat3,
             aes(xintercept = FPKM, color = class)) +
  facet_wrap(~ source, ncol = 2, scales = "free") +
  ggtitle("Distribution of FPKM, MCKG vs. Other") +
  xlab("FPKM > 0")

Примечание. Вы можете избегать таких имен столбцов, как source и class, поскольку они конфликтуют со встроенными функциями.

person JasonAizkalns    schedule 07.12.2015
comment
Спасибо! Работает как шарм! - person user3396385; 07.12.2015