Установка пакета rgl в R, Mac OSX El Captian

Я новичок в программировании на R, поэтому заранее прошу прощения, если покажусь наивным. Я хочу иметь возможность выполнять анализ основных компонентов моих данных в 3D. Я читал, что для этого подходит функция «pca3d», но мне нужно скачать библиотеку «rgl». Когда я использую install.packages, он спрашивает:

install.packages("rgl")

  There is a binary version available but the source version is later:
   binary    source needs_compilation
rgl 0.95.1201 0.95.1367              TRUE

Do you want to install from sources the package which needs compilation?
y/n: n

Я попытался установить его как двоичный, так и исходный, но ничего не работает. Если я попытаюсь загрузить двоичную версию, я получу такую ​​ошибку:

Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'rgl', details:
  call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
error: unable to load shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rgl/libs/rgl.so':
dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rgl/libs/rgl.so, 6): Library not loaded: /opt/X11/lib/libGLU.1.dylib
Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rgl/libs/rgl.so
  Reason: image not found
Error: package or namespace load failed for ‘rgl’

Если я скажу «да» установке из исходного кода, я получу следующую ошибку:

configure: error: X11 not found but required, configure aborted.
ERROR: configuration failed for package ‘rgl’
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rgl’
* restoring previous ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rgl’
Warning in install.packages :
 installation of package ‘rgl’ had non-zero exit status

Я часами искал, как заставить эту работу работать, поэтому, если кто-нибудь сможет объяснить, как мне следует установить пакет rgl, я был бы чрезвычайно благодарен!

Спасибо Клэр


macos r rgl osx-elcapitan
person Claire    schedule 10.11.2015    source источник
comment
Для начала в сообщении об ошибке говорится, что он искал, но не смог найти X11, поэтому, вероятно, первым шагом является установка X11.   -  person joran    schedule 10.11.2015
comment
вы можете попробовать добавить параметр repos, не являющийся параметром по умолчанию, в функцию install.packages, так что это будет так: install.packages (rgl, repos = 'http: //cran.cnr.berkeley. edu / ') ps извините, но удалите пробел между символом http и :   -  person hamsternik    schedule 11.11.2015

Ответы (4)


arrow_upward
17
arrow_downward

После разговора с коллегой все, что мне нужно было сделать, это загрузить XQuartz с здесь, чтобы установить X11, а затем установить исходный код снова. Теперь это работает!

person Claire    schedule 11.11.2015

arrow_upward
4
arrow_downward

Загрузка XQuartz полностью решила все после того, как я потратил часы на поиск решения этой проблемы.

person hannibelle    schedule 10.02.2016

arrow_upward
1
arrow_downward

Сначала я загрузил пакет на свой рабочий стол, но R дал мне ту же ошибку, это то, что сработало на моем Mac:

install.packages ("rgl", lib = "Desktop / rgl_0.96.0 (1) .tgz") Предупреждение в install.packages: 'lib = "Desktop / rgl_0.96.0 (1) .tgz"' не доступен для записи. хотите вместо этого использовать личную библиотеку? (y / n) y Хотите создать личную библиотеку ~ / Library / R / 3.3 / library для установки пакетов? (г / н) г

person Helie    schedule 27.11.2016

arrow_upward
1
arrow_downward

В моем случае мне нужно не только установить XQuartz, но и открыть XQuartz.app вручную, а затем запустить install.packages («rgl»).

Только так R нашел бы X11 в моем случае ...

person flyboyleo    schedule 20.06.2018