Аннотации кластера с использованием pheatmap

Итак, я пытаюсь создать красивую тепловую карту с функцией pheatmap в R.

Я хочу иметь цветные полосы на месте остановки дендрограммы и начала графика, чтобы аннотировать различные кластеры. Как горизонтальная толстая линия, проходящая через столбцы и меняющая цвет при переходе в другой кластер. Думаю, это обычное дело. Но я не могу понять «аннотации» в pheatmap. Любые идеи?

    structure<-matrix(rnorm(10000),ncol=100,nrow=100)
    dist_structue<-dist(structure)
    clustering<-hclust(dist)   
    cols2 = colorRampPalette(c('green','white','red'))(20) 
    annotation <- data.frame(Var1 = factor(cutree(clustering, k = 4))    
    heat_chem <- pheatmap(as.matrix(dist_structure),
                 clustering_distance_rows=dist_structure, 
                 cellwidth = 4, cellheight = 4, cluster_rows=T,cluster_cols=T, legend = T,
                 clustering_distance_cols = dist_structure, show_rownames = TRUE,
                 fontsize_row = 5, annotation_row = annotation,
                 show_colnames = FALSE, cutree_cols = 4, cutree_rows=4, 
                 color = cols2,
                 main = 'Heatmap')

person Kwnwps    schedule 17.09.2015    source источник
comment
предоставьте минимальный воспроизводимый пример, который означает отображение достаточного количества ваших данных для воспроизведения проблемы.   -  person pcantalupo    schedule 17.09.2015
comment
Я думаю, что названия annotation не совпадают с названиями as.matrix(dist_structure)   -  person pcantalupo    schedule 17.09.2015
comment
Отредактировал, я предоставил единичные нормальные данные, поскольку числа не имеют большого значения.   -  person Kwnwps    schedule 17.09.2015
comment
ваш код все еще не компилируется   -  person pcantalupo    schedule 17.09.2015
comment
Вы правы, я изменил названия аннотации data.frame, и теперь она работает! Спасибо!   -  person Kwnwps    schedule 17.09.2015
comment
послушайте, он по-прежнему не компилируется ... удалите все в своей среде R и попробуйте запустить код   -  person pcantalupo    schedule 17.09.2015
comment
Я сделал больше изменений, он не мог скомпилироваться, так как отсутствовали определения для cols2 и кластеризации, но теперь я думаю, что это нормально.   -  person Kwnwps    schedule 17.09.2015
comment
Позвольте нам продолжить это обсуждение в чате.   -  person pcantalupo    schedule 17.09.2015


Ответы (1)


Имена annotation не совпадают с именами as.matrix(dist_structure)

person pcantalupo    schedule 17.09.2015