Итак, я пытаюсь создать красивую тепловую карту с функцией pheatmap
в R.
Я хочу иметь цветные полосы на месте остановки дендрограммы и начала графика, чтобы аннотировать различные кластеры. Как горизонтальная толстая линия, проходящая через столбцы и меняющая цвет при переходе в другой кластер. Думаю, это обычное дело. Но я не могу понять «аннотации» в pheatmap. Любые идеи?
structure<-matrix(rnorm(10000),ncol=100,nrow=100)
dist_structue<-dist(structure)
clustering<-hclust(dist)
cols2 = colorRampPalette(c('green','white','red'))(20)
annotation <- data.frame(Var1 = factor(cutree(clustering, k = 4))
heat_chem <- pheatmap(as.matrix(dist_structure),
clustering_distance_rows=dist_structure,
cellwidth = 4, cellheight = 4, cluster_rows=T,cluster_cols=T, legend = T,
clustering_distance_cols = dist_structure, show_rownames = TRUE,
fontsize_row = 5, annotation_row = annotation,
show_colnames = FALSE, cutree_cols = 4, cutree_rows=4,
color = cols2,
main = 'Heatmap')
annotation
не совпадают с названиямиas.matrix(dist_structure)
- person pcantalupo   schedule 17.09.2015