Не используя чистую Java.

Самый простой вариант — использовать Runtime.exec() для запуска команды kill -9 <pid> в качестве внешнего процесса.

К сожалению, получить PID не так просто. Вам нужно будет либо использовать черную магию отражения для доступа к полю private int pid, либо возиться с выводом команды ps.

ОБНОВЛЕНИЕ - на самом деле есть другой способ. Создайте небольшую утилиту (программу на C, сценарий оболочки и т. д.), которая будет запускать реальное внешнее приложение. Закодируйте утилиту так, чтобы она запоминала PID дочернего процесса и устанавливала обработчик сигнала для SIGTERM, который будет SIGKILL дочернего процесса.

Стивен, его ответ правильный. Я написал то, что он сказал:

public static int getUnixPID(Process process) throws Exception
{
    System.out.println(process.getClass().getName());
    if (process.getClass().getName().equals("java.lang.UNIXProcess"))
    {
        Class cl = process.getClass();
        Field field = cl.getDeclaredField("pid");
        field.setAccessible(true);
        Object pidObject = field.get(process);
        return (Integer) pidObject;
    } else
    {
        throw new IllegalArgumentException("Needs to be a UNIXProcess");
    }
}

public static int killUnixProcess(Process process) throws Exception
{
    int pid = getUnixPID(process);
    return Runtime.getRuntime().exec("kill " + pid).waitFor();
}

Вы также можете получить pid следующим образом:

public static int getPID() {
  String tmp = java.lang.management.ManagementFactory.getRuntimeMXBean().getName();
  tmp = tmp.split("@")[0];
  return Integer.valueOf(tmp);
}