Мне нужно сделать программу, которая отделяет 3 от размера строки и сравнивает с другими последовательностями 3 в той же строке. Я собираюсь объяснить это.
Пользователь вводит эту строку ДНК = "ACTGCGACGGTACGCTTCGACGTAG", например. Начнем с n = 3, то есть берем первые три признака для сравнения в ДНК.
Первые символы: «ACT», и нам нужно сравнить его с другими последовательностями из трех, например, [CTG, TGC, GCA... до конца].
Если мы находим другую последовательность, равную «ACT», мы сохраняем позицию. Вот еще один пример:
ДНК: «ACTGCGACGGTACGCTTCGACGTAG», и мы находим эти последовательности в его позициях:
- ACG: 7 - 12 - 20
- СГА: 5 - 18
- ПКК: 6 - 19
- ГТА: 10 - 22
- КГАК: 5 - 18
- ГАЧГ: 6 - 19
- CGACG: 5 - 18 Число — это позиция начала последовательности:
ACTGCGACGGTACGCTTCGACGTAG
Вы можете видеть, что n = 3 увеличивается на 1, когда мы заканчиваем поиск на n = 3, переменная переходит к n = 4, пока n = DNA.size().
Моя проблема в том, что у меня есть одна функция для разделения строки на небольшие последовательности ДНК, и я делаю push_back() для сохранения в векторе, а затем я вижу, есть ли еще последовательности или нет, но я не не знаю, как я могу получить позицию.
Я могу использовать алгоритм библиотеки, и наверняка в этой библиотеке есть функция, которая это делает, но я не так много знаю об этой библиотеке.
Вот мой код:
#include <iostream>
#include <string>
#include <vector>
#include <algorithm>
using namespace std;
const string DNA = "ACTGCGACGGTACGCTTCGACGTAG";
const size_t taille = DNA.size();
size_t m = 3;
vector<string> v;
/*
struct DNA{
const string dna; // chaine saisie pour l'utilisateur
size_t taille; // Taille de la chaine
string chaine; // Chaine à chercher
};
*/
// what kind of structs can i create? for me it's stupid to make any struct in this program.
bool checkDNA(string &s);
string takeStrings(const string &s,size_t i, size_t m);
void FindSequenceDNA(vector<string>&s,string sq);
size_t incrementValue(size_t &m);
int main(){
string DNAuser;
cout << "Introduce the DNA: ";
cin >> DNAuser;
bool request;
cout << boolalpha;
request = DNAuser.find_first_not_of("AGCT");
cout << request << endl;
vector<string> vectorSq;
size_t auxiliar = 0;
string r;
size_t ocurrencies = DNA.size()-2;
cout << "DNA: " << DNA << endl;
while(auxiliar<ocurrencies){ // This gonna be works with the ocurriences, from 1 to end.
r = takeStrings(DNA,auxiliar,auxiliar+m);
auxiliar++;
if(r.size()==m){
vectorSq.push_back(r);
}
}
// string res = takeStrings(DNA,0,3);
// cout << "res: " << res << endl;
// cout << "Printing vector: " << endl;
// I just need to find the other, the practice is almost done.
for(size_t i = 0; i< vectorSq.size(); i++){
cout << vectorSq[i] << endl;
}
return 0;
}
string takeStrings(const string &s,size_t i, size_t m){
string result;
size_t aux=i;
if(s.size()==0){
cout << "String is empty." << endl;
}
else{
for(;i<s.size()&&i!=m;i++){
result+=s[i];
aux++;
}
}
return result;
}
void FindSequenceDNA(vector<string>&s,string sq){
if(s.size()==0){
cout << "DNA invalid." << endl;
}
else{
for(size_t i=0;i<s.size();i++){
if(sq==s[i]){
cout << "function: " << endl;
cout << s[i] << endl; // I need to calculate the real position in the string, not in the vector
}
}
}
}
bool checkDNA(string &s){
bool res;
if(s.size()==0 || s.size()<3){
cout << "DNA invalid" << endl;
}
else{
for(size_t i=0;i<s.size();i++){
if(s[i]=='A' || s[i]=='C' || s[i]=='G' || s[i]=='T')
{
res = true;
}
else{
res= false;
}
}
}
return res;
}
size_t incrementValue(size_t &m){
if(m<DNA.size()){
m++;
}
return m;
}
<regex>
? - person Félix Cantournet   schedule 25.03.2015