Добавьте 3D-форму к существующему объекту rgl: alphashape3d

Я провел этот анализ ординации набора данных о видах, используя metaMDS() из пакета 'vegan'. Я использую более одного измерения, поэтому я подумал, что было бы неплохо отобразить три из этих измерений на трехмерном графике. В «веганском» пакете есть некоторые 3D-функции, но результаты не очень ясны. Он может отобразить этого «паука» с помощью функции orglspider(), которая довольно хороша, но все еще не очень понятна. У меня скорее есть что-то вроде «ordihull», но не в виде 3D-графика. Используя пакет alphashape3d, я могу это сделать. Это позволяет мне рисовать 3D-форму именно так, как мне нужно. Проблема в том, что мне нужно 3 из этих фигур, построенных в одном кадре. Я пробовал "add=T", но это не работает. Я думаю, мне, возможно, придется изменить способ вызова второй и третьей фигур, но я понятия не имею, как это сделать. Вот пример того, что я пробовал до сих пор:

### Load the packages
require(vegan)
require(alphashape3d)

### Create some data
a <- c(0.5654292, 0.1960973, 0.0000000, 0.2536315, 0.1960973, 0.4658166, 0.3315565, 0.6865024, 0.7044823, 0.4385855)
b <- c(0.7093823, 0.2409255, 0.3269156, 0.0000000, 0.0000000, 0.3269156, 0.0000000, 0.0000000, 0.0000000, 0.4625978)
c <- c(0.0000000, 0.0000000, 0.0000000, 0.0000000, 0.0000000, 0.1022538, 0.4618177, 0.0000000, 0.0000000, 0.0000000)
d <- c(0.00000000, 0.16692171, 0.00000000, 0.22649864, 0.09400543, 0.42456471, 0.79331157, 0.72986751, 0.93837435, 0.65106335)
loc <- c("U", "U", "U", "A", "A", "U", "A", "A", "A", "U")

data <- data.frame(a,b,c,d)

#### Run the mds analysis to obtain the points that should be plotted
mdsB <- metaMDS(data, distance = "bray", autotransform = FALSE, trace = 0,k=3)

### Split the points in the mds object up into two groups
mdsBA <- mdsB
mdsBU <- mdsB

mdsBA$points <- mdsBA$points[which(loc=='A'), ]
mdsBU$points <- mdsBU$points[which(loc=='U'), ]

### Create the 3d shape just like the ordihull function does for 2d shapes
ashape3d.A <- ashape3d(unique(as.matrix(mdsBA$points[,1:3])), alpha = 1.19)
ashape3d.U <- ashape3d(unique(as.matrix(mdsBU$points[,1:3])), alpha = 1.19)

### plot the first shape and try to add the second one. 
plot(ashape3d.A,bycom=TRUE,tran=0.2,shininess=0, col="lightgoldenrod")
plot(ashape3d.U,bycom=TRUE,tran=0.2,shininess=0, col="lightgoldenrod", add=T)

r 3d rgl vegan
person Robbie    schedule 20.03.2015    source источник

Ответы (1)


arrow_upward
2
arrow_downward

Вероятно, мне следовало подождать с публикацией моего вопроса, так как я сам нашел ответ. Я решил проблему, используя другой пакет для создания выпуклых оболочек, для которых действительно работала часть add=T. Я использовал пакет "геометрия" следующим образом:

library("geometry")
A <- mdsBA$points[,1:3]
F <- mdsBU$points[,1:3]

A.surf <- t(convhulln(A))
U.surf <- t(convhulln(U))

rgl.triangles(A[A.surf,1],A[A.surf,2],A[A.surf,3],col="lightgoldenrod",alpha=0.5, add=T)
rgl.triangles(U[U.surf,1],U[U.surf,2],U[U.surf,3],col="lightgoldenrod",alpha=0.5, add=T)
person Robbie    schedule 20.03.2015