Использование веганского пакета: сходство Pielou не может регистрировать вывод

Я создаю фрейм данных разного уровня сложности в vegan. У меня возникли проблемы с Pielou, так как мне нужно зарегистрировать ранее созданные данные "pumice.richness" для достижения этого результата и получить ошибку ниже:

analysis <- function(havreanosim, havre_ANOSIM3.csv)
outfile <- sprintf("%s-analysis.txt", description)
pumice.data<-read.csv("c:\\pumice\\phd\\data_analysis\\havre\\havre_ANOSIM3.csv",header=T)
pumice.locationcode <- pumice.data[, 1:ncol(pumice.data)]
pumice.trop_temp_subtrop <- pumice.data[, 2:ncol(pumice.data)]
pumice.shannon <- specnumber~locationcode(pumice.locationcode, "shannon")
pumice.simpson <- specnumber~locationcode(pumice.locationcode, "simpson")
pumice.richness <- specnumber~locationcode(pumice.locationcode)
pumice.pielou <- pumice.shannon / log(pumice.richness)
Error in log(pumice.richness) : 
  non-numeric argument to mathematical function

Я попытался преобразовать это в вектор, так как подумал, что R может прочитать эти данные как фактор, используя:

as.numeric(levels(f))[f]

Но здесь я не смог получить результат и, возможно, проблема не в этом.


r vegan
person pumicegirl    schedule 05.03.2015    source источник

Ответы (1)


arrow_upward
1
arrow_downward

У вас серьезные непонимания того, как вызывать функции в R. Где вы видели вызовы с участием specnumber(), которые были для формата:

specnumber ~ locationcode(pumice.locationcode, "shannon")

??

Вы прикрепляете формулу к вызову функции какой-то неизвестной функции locationcode.

Я действительно понятия не имею, что вы хотите сделать, учитывая беспорядок в коде, который вы показываете, но источник ваших проблем явно в том, что вы формируете объекты-формулы в pumice.shannon и pumice.richness, а затем пытаетесь выполнять математические операции. на этих объектах формулы.

Вы также, кажется, пытаетесь specnumber(), где diversity() это то, что вам нужно.

Казалось бы, это повторяет то, чего вы пытаетесь достичь (используя воспроизводимый пример)

data(BCI)
rich <- specnumber(BCI)
shan <- diversity(BCI, "shannon")
shan / log(rich)

который дает:

> shan / log(rich)
        1         2         3         4         5         6         7         8 
0.8865579 0.8685692 0.8476046 0.8752597 0.8602030 0.8500724 0.8706729 0.8729254 
        9        10        11        12        13        14        15        16 
0.8358867 0.8561634 0.8642843 0.8347024 0.8786069 0.8762317 0.8729284 0.8641446 
       17        18        19        20        21        22        23        24 
0.8244489 0.8788828 0.8554245 0.8853802 0.8639438 0.8325271 0.8841064 0.8738548 
       25        26        27        28        29        30        31        32 
0.8755378 0.8751655 0.8661975 0.8314621 0.8281171 0.8419326 0.8575355 0.8453403 
       33        34        35        36        37        38        39        40 
0.8397172 0.8451677 0.5978626 0.8505725 0.8468656 0.7978912 0.7968043 0.7382083 
       41        42        43        44        45        46        47        48 
0.8762204 0.8881987 0.8387881 0.8431126 0.8213811 0.8554539 0.8477709 0.8676229 
       49        50 
0.8377231 0.8618931
person Gavin Simpson    schedule 10.03.2015