Можно ли использовать выражения, разделенные запятыми, как выражение в Javascript?

Это серия утверждений на самом деле

popup_window != is_null // if true, continue to the statement in the parenthesis
    && 
(
    "function" == typeof popup_window.close // if true continue to close the window
      && 
    popup_window.close()
    , popup_window = is_null // this is executed as long as "popup_window != is_null" 
);                           // is truthy, it doesn't depend on the other conditions

предполагая, что is_null на самом деле null, во-первых, popup_window не должно быть нулевым.
Во-вторых, мы можем предположить, что popup_window — это другое окно, открытое с помощью window.open, поскольку оно предположительно должно иметь функцию close, и это немного похоже на условие Йоды, но это также может быть написано

typeof popup_window.close === "function"

поэтому popup_window должен иметь метод close, чтобы перейти к следующему шагу. Последний шаг закрывает всплывающее окно, если оно не пустое и если оно имеет метод close.

popup_window.close()

поэтому два других условия должны быть истинными, чтобы зайти так далеко, должно быть окно, и у него должен быть метод close, а затем вызывается этот метод close, и окно закрывается.

А тут запятая. Из документов

Оператор запятой оценивает каждый из своих операндов (слева направо) и возвращает значение последнего операнда.

и у нас есть

("function" == typeof popup_window.close && popup_window.close(), popup_window = is_null);

давайте немного по другому напишем

(                          // ↓ must be thruthy .... ↓ for this to execute
   (typeof popup_window.close === "function" && popup_window.close())
   , popup_window = is_null
);      // ↑ unrelated, it's just another operand, seperated by comma

Хитрость здесь в том, что всегда выполняется последняя часть после запятой, так как оцениваются все операнды, разделенные запятой.

Это означает, что если popup_window не равно is_null, popup_window явно устанавливается равным is_null, независимо от второго условия.

Второе условие также выполняется только в том случае, если popup_window не является is_null, затем проверяется, есть ли метод close(), и закрывается окно, оператор после запятой не связан с результатом этого условия.

Чтобы написать это еще проще (так, как это должно было быть написано IMO)

if ( popup_window != is_null ) {

    if ( typeof popup_window.close === "function" ) {
        popup_window.close();
    }

    popup_window = is_null;

}