Оба инструмента просто объединяют онтологии, а не объединяют их. Для Protege я использовал опцию «Рефакторинг -> Объединить онтологии». Для Topbraid Composer я использовал эту опцию: Открыть одну онтологию, Импортировать другую онтологию.
Оба инструмента приводят к конкатенации. Я использовал следующие онтологии: http://www.daml.org/services/owl-s/AmazonWS/1.1/Book.owl — для книги http://purl.org/net/nknouf/ns/bibtex — для битекса
Обе онтологии имеют один и тот же класс «Книга», но инструмент не объединяет их.