R: логарифмическая ось Y в цикле графика создает пустой график

Я пытаюсь построить данные на разделенных графиках с помощью par (mfrow) и пытаюсь получить логарифмическую ось y, оси определены правильно, но каким-то образом данные графика не будут отображаться, а график пуст.

Мой вопрос: кто-нибудь видит, что не так с моим кодом и почему ничего не отображается (код выполняется без ошибок)?

2-й вопрос: как определить деления и метки оси Y, чтобы отображались только 10, 100 и 1000?

Вот мой код с некоторыми примерами данных xy, которые имеют ту же структуру, что и мои исходные данные.

xy <- structure(list(GROUP = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L), .Label = c("Group1", "Group2", "Group3"), class = "factor"), YEAR1 = c(1966L, 1967L, 1968L, 1969L, 1970L, 1971L, 1972L, 1973L, 1964L, 1965L,1966L, 1967L, 1968L, 1971L, 1972L, 1973L, 1974L, 1975L, 1976L), YEAR2 = c(1967L, 1968L, 1969L, 1970L, 1971L, 1972L,1973L, 1974L, 1965L, 1966L, 1967L, 1968L, 1969L, 1972L, 1973L,1974L, 1975L, 1976L, 1977L), SAMPLES1 = c(83L, 86L, 118L, 116L, 114L, 111L, 108L, 106L, 24L, 25L, 26L, 26L, 26L, 87L, 82L, 218L, 203L, 221L, 219L), SAMPLES2 = c(83L, 86L, 118L, 116L, 114L, 111L, 108L, 106L, 24L, 25L, 26L, 26L, 26L, 87L, 82L, 218L, 203L, 221L, 219L), RANK = c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L,2L, 2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L)), .Names = c("GROUP","YEAR1", "YEAR2", "SAMPLES1", "SAMPLES2", "RANK"), class = "data.frame", row.names = c(NA, -19L))

ind <- split(x = xy,f = xy[,'RANK'])
fname <- 'Plot.png'
png(fname, width=4658, height=6716, res=300)
par(mfrow=c(3,1), oma = c( 2, 2, 2, 2 ) )
# initiate plot
for (i in seq_along(ind)){
  i <- ind[[i]]
  xx = unlist(i[, c(2, 4)])
  yy = unlist(i[, c(3, 5)])
  my_x_lim <- range(c(1530, 2015)) 
  my_y_lim=range(c(yy,10,100))
  mar.default <- c(2,4,2,4) + 0.1
  par(mar = mar.default + c(-1.2, 0, -1.2, 0),mgp = c(0, 1, 0)) 
  plot(xx, yy,log="y",xaxs="i",type='n', xlab=NA,ylab=NA,xlim = my_x_lim, ylim=my_y_lim,las=1,xaxt="n") 
  rect(par("usr")[1], par("usr")[3], par("usr")[2], par("usr")[4], col = "grey")
  par(mar = mar.default + c(-0.5, 0, -0.5, 0),mgp = c(0, 1, 0))
  axis(1, at = seq(1000, 2050, 10), cex.axis=0.7,lty=0, lwd.ticks=0,labels=TRUE, tcl=0)
  par(mar = mar.default + c(-1, 0, -1, 0),mgp = c(0, 1, 0))
  apply(i, 1, function(y) 
    rect(y[2], min(y[3], 0), y[4], max(y[3], 0), col= 'seagreen',border=NA)) 
  par(mar = mar.default + c(-1.2, 0, -1.2, 0),mgp = c(0, 1, 0)) 
  axis(1, at = seq(1000, 2050, 5), cex.axis=0.5, labels=NA, tcl=-0.3)
  axis(1, at = seq(1000, 2050, 10), cex.axis=0.5, labels=NA, tcl=-0.3,lwd.ticks=0.5)
  axis(3, at = seq(1000, 2050, 5), cex.axis=0.5, labels=NA, tcl=-0.3)
  axis(3, at = seq(1000, 2050, 10), cex.axis=0.5, labels=NA, tcl=-0.3,lwd.ticks=0.5)
  axis(2, at = seq(-100000, 100000, 1000), cex.axis=0.5, labels=NA, tcl=-0.2,lwd.ticks=0.5)
  axis(4, cex.axis=0.7, las=1, labels=TRUE)
}
dev.off()

r plot rect logarithm
person kurdtc    schedule 22.12.2014    source источник
comment
При использовании apply и где-то в вашем data.frame есть строка, тогда все числа преобразовываются в строки, поэтому ваш вызов rect передается строками, а не числами. Замените свой вызов на apply(i, 1, function(y) { browser(); rect(y[2], min(y[3], 0), y[4], max(y[3], 0), col= 'red',border=NA) }), чтобы увидеть, как это работает.   -  person r2evans    schedule 22.12.2014

Ответы (1)


arrow_upward
1
arrow_downward

У вас есть несколько проблем с вашим кодом:

  1. Я думаю, что вы неправильно подставляете свой код при назначении xx и yy. Я думаю, что ваша ось Y основана на $SAMPLES[12], а ось X на $YEAR[12], но вы назначаете $YEAR1 и $SAMPLE1 xx, и аналогично yy. Исправьте ссылки на столбцы, и ваши данные, скорее всего, будут правильно упорядочены/ранжированы.

  2. Использование apply преобразует строку в вектор; обычно это нормально, но поскольку один из элементов ($GROUP) является строкой, все остальные элементы преобразуются в строки, поэтому ваш промежуточный вызов rect использует строки, а не числа. Соответствующее подмножество data.frame, например i[,-1].

  3. Ваша ось Y является логарифмической, но вы используете ноль в вызове rect (log(0) не определено). Измените ссылки с нуля в rect на единицу, и они могут начать работать.

Используя ваши данные xy, как определено выше, этот код создает что-то для вас, если оно правильное и пригодное для использования:

ind <- split(x = xy,f = xy[,'RANK'])
par(mfrow=c(3,1), oma = c( 2, 2, 2, 2 ) )
# initiate plot
for (i in seq_along(ind)){
  i <- ind[[i]]
  xx = unlist(i[, c(2, 3)])
  yy = unlist(i[, c(4, 5)])
  my_x_lim <- range(c(1530, 2015)) 
  my_y_lim=range(c(yy,10,100))
  mar.default <- c(2,4,2,4) + 0.1
  par(mar = mar.default + c(-1.2, 0, -1.2, 0),mgp = c(0, 1, 0)) 
  plot(xx, yy,log="y",xaxs="i",type='n', xlab=NA,ylab=NA,xlim = my_x_lim, ylim=my_y_lim,las=1,xaxt="n") 
  rect(par("usr")[1], par("usr")[3], par("usr")[2], par("usr")[4], col = "grey")
  par(mar = mar.default + c(-0.5, 0, -0.5, 0),mgp = c(0, 1, 0))
  axis(1, at = seq(1000, 2050, 10), cex.axis=0.7,lty=0, lwd.ticks=0,labels=TRUE, tcl=0)
  par(mar = mar.default + c(-1, 0, -1, 0),mgp = c(0, 1, 0))
  apply(i[, -1], 1, function(y)
    rect(min(y[1:2]), min(y[3], 1), max(y[1:2]), max(y[3], 1), col= 'seagreen', border=NA))
  par(mar = mar.default + c(-1.2, 0, -1.2, 0),mgp = c(0, 1, 0)) 
  axis(1, at = seq(1000, 2050, 5), cex.axis=0.5, labels=NA, tcl=-0.3)
  axis(1, at = seq(1000, 2050, 10), cex.axis=0.5, labels=NA, tcl=-0.3,lwd.ticks=0.5)
  axis(3, at = seq(1000, 2050, 5), cex.axis=0.5, labels=NA, tcl=-0.3)
  axis(3, at = seq(1000, 2050, 10), cex.axis=0.5, labels=NA, tcl=-0.3,lwd.ticks=0.5)
  axis(2, at = seq(-100000, 100000, 1000), cex.axis=0.5, labels=NA, tcl=-0.2,lwd.ticks=0.5)
  axis(4, cex.axis=0.7, las=1, labels=TRUE)
}
person r2evans    schedule 22.12.2014
comment
спасибо @r2evans. Не понимал, что так много всего было перепутано, неудивительно, что это не сработало. Одна вещь, в которой я все еще не уверен, - это определение rect(par("usr")[1], par("usr")[3], par("usr")[2], par("usr")[4], col = "grey"), которое взято из ответа Баклина на этот вопрос link и должен рисовать серый прямоугольник, определяющий цвет фона. Это как-то все еще не работает... - person kurdtc; 24.12.2014
comment
это может сработать, если вы добавите к нему xpd=TRUE, так как мне кажется, что он будет прямо на краю границы фигуры. (См. help(par) для краткого определения.) - person r2evans; 24.12.2014
comment
это не сработало. для параметров par(usr) я получаю [1] 1530.0000000 2015.0000000 0.9462243 2.3981680, что неверно и не будет отображаться на графике. - person kurdtc; 24.12.2014
comment
Аааа... Вы пробовали 10^par('usr')[3] (и 4)? - person r2evans; 24.12.2014
comment
к сожалению, это тоже не сработало... но спасибо за ваши усилия! - person kurdtc; 24.12.2014