R - Спецификация модели для повторных измерений GLMM (lme4)

У меня возникли проблемы с правильным указанием моей продольной модели в R. Мой анализ рассматривает гендерные различия в баллах, оцениваемых в трех временных точках. Фактически, я хочу увидеть, имеет ли тот или иной пол постоянно более высокие баллы и / или разную скорость изменений. Я понимаю, что пытаюсь увидеть, различаются ли пересечение и / или наклон для разных полов, но я не уверен, как структурировать модель / что вводить как фиксированный или случайный эффект.

Небольшой пример моих данных:

'data.frame':   108 obs. of  10 variables:
 $ PNumber : Factor w/ 36 levels "P1002","P1004",..: 1 1 1 2 2 2 3 3 3 4 ...
 $ Sex     : Factor w/ 2 levels "Female","Male": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 ...
 $ Visit   : Factor w/ 3 levels "V1","V2","V3": 1 2 3 1 2 3 1 2 3 1 ...
 $ V1      : int  1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 ...
 $ V2      : int  0 1 0 0 1 0 0 1 0 0 ...
 $ V3      : int  0 0 1 0 0 1 0 0 1 0 ...
 $ TD      : num  0 0 0.1818 0.0909 0.3636 ...

Где «TD» - это измеренная оценка, «PNumber» - это переменная идентификатора, а «Визит» обозначает случай измерения.

Насколько я понимаю, модель для проверки разницы в перехватах:

m1 <- lmer(TD ~ Sex + Visit + (1|PNumber), data=data)

А для наклона:

m2 <- lmer(TD ~ Sex * Visit + (1+Sex|PNumber), data=data)

Улавливают ли эти модели то, что я пытаюсь оценить?

Буду очень признателен за любую помощь в правильном направлении. У меня есть только очень базовое понимание R, которое я сколотил за последние несколько недель, поэтому прошу прощения, если мне не хватает чего-то очень простого.


person AndrewrJ    schedule 15.12.2014    source источник


Ответы (1)


Таким образом, группы уровня 1 - это повторные измерения (посещение), а группы уровня 2 - это отдельные лица (номер PN). Вот что бы я сделал (думаю, вы близки):

Начнем с безусловной модели:

m1 <- lmer (TD ~ Visit + (~1|PNumber), data=data)

Затем позвольте изменению во времени быть случайным на уровне 2:

m2 <- lmer (TD ~ Visit + (~Visit|PNumber), data=data)

Затем добавьте пол в вашу модель:

m3 <- lmer (TD ~ Visit + Gender + (~Visit|PNumber), data=data)

Это обеспечит оценку с фиксированными эффектами для пола, которая скажет вам, является ли пол важным предиктором более высоких баллов.

Затем добавьте взаимосвязь между изменением со временем и полом:

m4 <- lmer (TD ~ Visit + Gender + Visit*Gender (~Visit|PNumber), data=data)

Это обеспечит фиксированную оценку взаимодействия между изменением во времени и полом, которая покажет вам, значительно ли различается скорость изменения оценок между полами.

person Joshua Rosenberg    schedule 15.12.2014
comment
Это большая помощь, спасибо. Небольшой вопрос для новичков, почему бы мне не включить пол как случайный эффект? - person AndrewrJ; 15.12.2014
comment
Поскольку единицы уровня 2 - это индивидуумы, и поскольку пол измеряется на уровне индивидуума (на уровне 2), вы не можете включать его в качестве случайного эффекта. Если бы вы могли, то он сказал бы нам, что пол у разных людей разный, что не очень помогает. Если бы существовал третий уровень (возможно, люди сгруппированы вместе), тогда вы могли бы включить пол как случайный эффект на уровне 3. - person Joshua Rosenberg; 15.12.2014
comment
Теперь я это прекрасно понимаю. Спасибо за вашу помощь. - person AndrewrJ; 15.12.2014
comment
Конечно. Я нашел эту книгу действительно полезной: amazon.com/Multilevel-Modeling -Статистика-Поведенческие-Науки / - person Joshua Rosenberg; 15.12.2014
comment
Не могли бы вы объяснить, почему + (~ Visit | PNumber), а не + (~ 1 | PNumber), или + (~ PNumber | Visit) или даже + (~ 1 | Visit * PNumber)? - person skan; 22.02.2016
comment
Постараюсь завтра посмотреть. - person Joshua Rosenberg; 05.03.2018