Мне нужно найти последовательность или последовательности, которые должны давать результаты (попадания) в Fasta, но не в Blast, или наоборот.
И я как-то потерян.
На что следует обращать внимание при поиске этой последовательности?
Как найти запрос, который можно найти с помощью FASTA, но не с помощью BLAST, и наоборот?
comment
Можете ли вы уточнить, что вы ищете? FASTA и BLAST — совершенно разные вещи; BLAST — это поиск, а FASTA — это формат. ФАСТА не может найти вещи.
- person iayork schedule 21.10.2014
comment
@iayork, о, ты, молодой человек, FASTA изначально была программой выравнивания, которая предшествовала взрыву. единственное, что мы до сих пор используем, это формат файла en.wikipedia.org/wiki/FASTA
- person dkatzel schedule 21.10.2014
comment
перекрестный пост: biostars.org/p/116280
- person Pierre schedule 22.10.2014
comment
Мне нужно найти последовательность ДНК или белка (запрос), которая не может дать никаких результатов с помощью Blast. В то же время это должно дать результат, когда я помещаю его в инструмент FASTA. Что я могу искать?
- person HiloKub schedule 22.10.2014
Ответы (1)
Когда вы говорите найти последовательность с помощью BLAST или FASTA, я полагаю, вы имеете в виду найти совпадение в базе данных?
Я думаю, что FASTA может лучше находить выравнивание между непохожими последовательностями, чем BLAST, но BLAST лучше выравнивает похожие последовательности.
person
dkatzel
schedule
21.10.2014
Что вы подразумеваете под непохожими последовательностями?
- person HiloKub; 22.10.2014
Последовательности @HiloKub с низким процентом идентичности.
- person dkatzel; 22.10.2014
Итак, вы говорите, что мне нужно выбрать непрерывный мегабластный вариант, я прав? Но мне также нужно написать что-то для запроса (о чем я сейчас понятия не имею, потому что blast дает совпадения со всем, что я записываю)
- person HiloKub; 22.10.2014
