igraph чтение графика зависает в OS X

Я использую пакет igraph r. У меня есть графический файл в формате ncol, и я использую

g <- read.graph('~/tmp/graph.ncol', format = 'ncol', weights="yes")

читать на память. Хотя эта команда и файл графика нормально работают в течение нескольких минут под Ubuntu 14.04. Используя ту же машину с OS X 10.10, команда запускается и никогда не заканчивается. Я также попробовал другой такой же график в формате graphml с тем же результатом.

Это macbook pro, который после обновления до OS X 10.10 переустановка / повторный поиск больше не работает для меня, чтобы загрузиться в 14.04, поэтому я решил некоторое время использовать OS X и столкнулся с этим. Пакет igraph устанавливается исходным кодом в Ubuntu, а устанавливается двоичным файлом из крана в OS X. Я также пытался использовать исходный пакет для локальной компиляции пакета igraph r и получил тот же результат зависания. Кто-нибудь испытывает подобные вещи? Не уверен, что это OS X 10.10.


macos r igraph osx-yosemite
person xgdgsc    schedule 20.10.2014    source источник
comment
Это очень мало информации, чтобы пройти. Можете ли вы привести некоторые примеры (симулированных) данных, которые имитируют это поведение?   -  person Roman Luštrik    schedule 20.10.2014
comment
Я попробовал несколько размеров файлов, обрезав файл ncol. Размеры файлов 20M (1000000 строк) и меньше подходят. Теперь висит файл с 10000000 строк. Весь файл 700M. Подобного никогда не происходило в Ubuntu на этой машине и на другой машине с archlinux. Свободной памяти должно хватить.   -  person xgdgsc    schedule 20.10.2014
comment
Пробовали ли вы перекомпилировать библиотеку igraph с нуля на Yosemite? У меня нет большого графического файла, удобного для тестирования, но компиляция работала нормально после того, как я загрузил исходный пакет и сделал это из командной строки по сравнению с RStudio (изнутри RStudio не удалось найти gfortran-4.8, и были отчеты о пути странности с RStudio & R после установки Yosemite).   -  person hrbrmstr    schedule 20.10.2014
comment
Я попытался перекомпилировать библиотеку igraph и получил тот же результат.   -  person xgdgsc    schedule 20.10.2014
comment
Я думаю, что это ошибка, буду исследовать здесь: github.com/igraph/igraph/issues/746   -  person Gabor Csardi    schedule 20.10.2014
comment
Кажется, это специфично для 10.10, по крайней мере, я не вижу его на 10.9. Обходной путь — прочитать файл как таблицу, используя read.table() или что-то подобное, а затем преобразовать его в график igraph.   -  person Gabor Csardi    schedule 20.10.2014

Ответы (1)


arrow_upward
0
arrow_downward

Оказывается, это происходит только тогда, когда путь к файлу включает ~, например ~/tmp/graph.txt, он начинает использовать tempfile и вызывает read.graph.toraw, что вызывает проблемы. Я могу избежать использования этого ~. Это обходной путь, достаточно хороший для меня.

person xgdgsc    schedule 07.11.2014