Самая длинная общая последовательность - ошибка индекса

Я пытаюсь найти LCS между двумя последовательностями: TACGCTGGTACTGGCAT и AGCTGGTCAGAA. Я хочу, чтобы мой ответ выводился в виде матрицы, чтобы я мог отследить, какая последовательность является общей (GCTGGT). Когда я использую свой код ниже, я получаю следующую ошибку. IndexError: индекс списка вне допустимого диапазона. Как я могу избежать этой ошибки в моем коде ниже?

def LCS(x, y):
    m = len(x)
    n = len(y)
    C = []  
    for i in range(m):
        for j in range(n):
            if x[i] == y[j]:
                C[i][j] == C[i-1][j-1] + 1
            else:
                C[i][j] == 0
    return C


x = "TACGCTGGTACTGGCAT"
y = "AGCTGGTCAGAA"
m = len(x)
n = len(y)
C = LCS(x, y)

print C

python matrix lcs
person Paul    schedule 28.09.2014    source источник
comment
Связано: Распечатайте самую длинную общую последовательность   -  person Martijn Pieters    schedule 29.09.2014

Ответы (1)


arrow_upward
0
arrow_downward

Вам нужно добавить в свой список, потому что индекс [i][j] еще не существует.

def LCS(x, y):
    m = len(x)
    n = len(y)
    C = []  
    for i in range(m):
    C.append([])          # append a blank list at index [i]
        for j in range(n):
            if x[i] == y[j]:
                C[i].append(C[i-1][j-1] + 1)   # append current element to [i]
            else:
                C[i].append(0)
    return C

Тестирование

x = "TACGCTGGTACTGGCAT"
y = "AGCTGGTCAGAA"
LCS(x,y)

Выход

[[0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0],
 [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1],
 [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0],
 [0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0],
 [0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0],
 [0, 0, 0, 3, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0],
 [0, 1, 0, 0, 4, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0],
 [0, 1, 0, 0, 1, 5, 0, 0, 0, 1, 0, 0],
 [0, 0, 0, 1, 0, 0, 6, 0, 0, 0, 0, 0],
 [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1],
 [0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0],
 [0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0],
 [0, 1, 0, 0, 3, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0],
 [0, 1, 0, 0, 1, 4, 0, 0, 0, 1, 0, 0],
 [0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0],
 [1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 1],
 [0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0]]
person Cory Kramer    schedule 28.09.2014
comment
Это имеет смысл. Большое спасибо! - person Paul; 29.09.2014