Невозможно импортировать numpy: ошибка: /usr/lib/liblapack.so.3: неопределенный символ: gotoblas

Когда я пытаюсь импортировать numpy, я получаю следующую ошибку:

/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/numpy/linalg/__init__.py in <module>()
     49 from .info import __doc__
     50 
---> 51 from .linalg import *
     52 
     53 from numpy.testing import Tester

/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/numpy/linalg/linalg.py in <module>()
     27     )
     28 from numpy.lib import triu, asfarray
---> 29 from numpy.linalg import lapack_lite, _umath_linalg
     30 from numpy.matrixlib.defmatrix import matrix_power
     31 from numpy.compat import asbytes

ImportError: /usr/lib/liblapack.so.3: undefined symbol: gotoblas

Я уже пробовал решения, опубликованные Ошибка при импорте numpy: lapack_lite.so : неопределенный символ и Ошибка GotoBLAS при установке matplotlib с pip в virtualenv на debian wheezy

Я уже пробовал все варианты в:

vvkulkarni@galileo:~$ sudo update-alternatives --config liblapack.so.3
There are 3 choices for the alternative liblapack.so.3 (providing /usr/lib/liblapack.so.3).

  Selection    Path                                      Priority   Status
------------------------------------------------------------
* 0            /usr/lib/openblas-base/liblapack.so.3      40        auto mode
  1            /usr/lib/atlas-base/atlas/liblapack.so.3   35        manual mode
  2            /usr/lib/lapack/liblapack.so.3             10        manual mode
  3            /usr/lib/openblas-base/liblapack.so.3      40        manual mode

Я использую Ubuntu 14.1 и Python 2.7.


person vvknitk    schedule 28.09.2014    source источник
comment
как вы установили numpy? Ваша проблема, скорее всего, связана с конфликтом liblapack.so.3 У меня только /usr/lib/lapack/liblapack.so.3 работает Ubuntu 14.04. Вы можете удалить libopenblas-base?   -  person Padraic Cunningham    schedule 28.09.2014
comment
Я установил его с помощью apt-get install:sudo apt-get install python-numpy python-scipy python-matplotlib ipython ipython-notebook python-pandas python-sympy python-nose   -  person vvknitk    schedule 28.09.2014
comment
Вы также можете попробовать использовать pip, но вполне можете столкнуться с той же проблемой, у меня не было проблем с установкой scipy-stack изначально   -  person Padraic Cunningham    schedule 28.09.2014
comment
Я тоже пробовал это, но наткнулся на это, и предоставленный обходной путь не работает для меня: can-link-a" title="проблемы с pip install numpy runtimeerror сломанная цепочка инструментов не может связать"> stackoverflow.com/questions/22388519/   -  person vvknitk    schedule 28.09.2014
comment
ты на маке или используешь убунту?   -  person Padraic Cunningham    schedule 28.09.2014
comment
Я точно на Ubuntu ... чтобы было ясно, что все работало нормально, пока не было выполнено apt-upgrade системы для исправления shellshock, после чего я сталкиваюсь с этими проблемами.   -  person vvknitk    schedule 28.09.2014
comment
так numpy работал до обновления?   -  person Padraic Cunningham    schedule 28.09.2014
comment
Да, до обновления работало.   -  person vvknitk    schedule 28.09.2014
comment
да пробовал переустанавливать   -  person vvknitk    schedule 28.09.2014
comment
Это удивительно. Я удалил libopenblas-base, переустановил libatlas3-dev, и теперь ошибка исчезла. Но теперь у меня более медленный numpy :(. Я считаю, что OpenBLAS намного быстрее   -  person vvknitk    schedule 28.09.2014
comment
Да, я упомянул об этом в своем первом комментарии ;) Что ж, numpy, который у вас сейчас, определенно быстрее, чем тот, который у вас был несколько минут назад!   -  person Padraic Cunningham    schedule 28.09.2014
comment
Конечно ! Работающий numpy лучше, чем вообще никакой :). Спасибо !   -  person vvknitk    schedule 28.09.2014
comment
Не беспокойтесь, рад, что у вас все получилось   -  person Padraic Cunningham    schedule 28.09.2014
comment
Обходной путь Падраика сработал для меня. Спасибо!   -  person Francesc    schedule 07.10.2015


Ответы (2)


Чтобы решить эти проблемы, я следовал скрипту установки bash здесь: https://gist.github.com/amirsani/d2aa0763cc138902bf73

У меня все еще была такая же ошибка во время тестирования в конце всей установки, поэтому я сделал это

sudo apt-get remove libopenblas-base

Что я получил здесь: Установка lapack для numpy

Похоже, это решило мою первоначальную проблему (похожую на вашу, но не идентичную), когда я пытался запустить следующее из ipython

from ortools.linear_solver import pywraplp

что привело к ошибке, идентичной той, что была у вас.

person dean keithly    schedule 01.09.2017

Сообщение об ошибке показывает, что ваша установка numpy находится в «/usr/local/lib», но apt-get поместит numpy в «/usr/lib». Это говорит мне о том, что у вас есть еще одна копия numpy, которая была установлена ​​​​другим методом (например, pip install). Проверьте, есть ли у вас каталог с именем /usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/. Если это так, вам просто нужно убедиться, что Python импортирует numpy отсюда, а не из «/usr/local/lib».

Попробуйте удалить, переименовать или переместить каталог /usr/local/lib/python2.7/dist-packages/numpy/, в качестве альтернативы вы можете изменить sys.path из Python.

person user7813790    schedule 21.04.2017