Используя только аутентификацию на основе пароля, легко пройти аутентификацию в CSOM:
context.Credentials = new SharePointOnlineCredentials(username, password);
Но как пройти аутентификацию при наличии многофакторной аутентификации (http://technet.microsoft.com/en-us/library/dn249471.aspx)?