os.system не записывает результат в выходной файл

Вы сможете сделать это по-своему с этим изменением, поскольку start /wait cmd /c не требуется для выполнения команды через os.system:

import os
os.system("dir/s *.exe > Allexe1.txt")

Однако это не переносимый код, если вы собирались перенести его на платформу, отличную от Windows.

Если вы хотите сделать это более портативным способом, я рекомендую вам прочитать этот вопрос / ответ < / а>

import sys,os

root = "/home/patate/directory/"

for path, subdirs, files in os.walk(root):
    for name in files:
        # filter for files with an exe extension here
        print os.path.join(path, name)

Вы не должны таким образом перечислять файлы в Python. Вместо этого используйте включенный модуль glob:

import glob
for filename in glob.glob('*.exe'):
    print filename

Или, поскольку вам кажется, что вам нужны все подкаталоги, используйте os.walk() в сочетании с fnmatch, как указано в glob документах. В любом случае не стоит за это раскошеливаться.

https://docs.python.org/2/library/glob.html

Попробуй это

 import os

 result = os.popen("start /wait cmd /c dir/s *.exe > Allexe1.txt").read()
 if result is not None:
     #this is your object with all your results
     #you can write to a file
     with open('output.txt', 'w') as f:
         f.write(result)
 #you can also print the result to console.
     print result
 else:
     print "Command returned nothing"