Я использовал алгоритм fastgreedy в igraph для обнаружения своего сообщества во взвешенном неориентированном графе. Впоследствии я хотел взглянуть на модульность, и я получил разные значения для разных методов, и мне интересно, почему. Я включил короткий пример, демонстрирующий мою проблему:
library(igraph)
d<-matrix(c(1, 0.2, 0.3, 0.9, 0.9,
0.2, 1, 0.6, 0.4, 0.5,
0.3, 0.6, 1, 0.1, 0.8,
0.9, 0.4, 0.1, 1, 0.5,
0.9, 0.5, 0.8, 0.5, 1), byrow=T, nrow=5)
g<-graph.adjacency(d, weighted=T, mode="lower",diag=FALSE, add.colnames=NA)
fc<-fastgreedy.community(g)
fc$modularity[3]
#[1] -0.05011095
modularity(g,membership=cutat(fc,steps=2),weights=get.adjacency(g,attr="weight"))
#[1] 0.07193047
Я ожидаю, что оба значения будут идентичными, и если я попробую то же самое с невзвешенным графиком, я получу те же значения.
d2<-round(d,digits=0)
g2<- graph.adjacency(d2, weighted=NULL, mode="lower",diag=FALSE, add.colnames=NA)
fc2<-fastgreedy.community(g2)
plot(fc2,g2)
fc2$modularity[3]
#[1] 0.15625
modularity(g2,membership=cutat(fc2,steps=2))
#[1] 0.15625
У другого пользователя была похожая проблема, но у меня есть текущая версия igraph, так что это не должно быть проблемой. Может кто-нибудь объяснить мне, почему есть разница или есть проблема с моим кодом, которую я не вижу?
