Как удалить все файлы/папки из папки, кроме нескольких папок?

Из того, что я понял, есть куча других папок, кроме src, потому что иначе вы бы просто использовали rm -rf src.

Если ваш PWD равен application, то есть вы находитесь в родительском каталоге config logs и src, вам просто нужен способ использовать rm -rf для всех файлов/папок, кроме config и log, так почему бы не сделать цикл for?

    #!/bin/bash

    cd "/path/to/application"

    for file in * ; do
            case "$file" in
                    config )
                            echo "file is $file: doing nothing"
                    ;;
                    logs )
                            echo "file is $file: doing nothing"
                    ;;
                    * )
                            echo "file is $file: removing"
                            rm -rf "$file"
                    ;;
                    esac
            done
    exit 0

Это должно работать:

find ./application -depth -mindepth 1 -type d \
  -regextype posix-extended ! -regex ".*\/(config|logs).*" | \
  -exec rm -fr {}  \;

Или с помощью xargs, если у вас нет имен папок с символами новой строки, вы можете написать:

find ./application -depth -mindepth 1 -type d \
  -regextype posix-extended ! -regex ".*\/(config|logs).*" | \
  xargs -t -I {} rm -fr {}

Или с xargs, если у вас есть имена папок с символами новой строки, которые вы можете использовать:

find ./application -depth -mindepth 1 -type d \
  -regextype posix-extended ! -regex ".*\/(config|logs).*" -print0 | \
  xargs -0 -t -I {} rm -fr {}

• find находит все каталоги ниже ./application, за исключением тех, у которых есть /config и /logs, и печатает их, начиная с самого нижнего
• xargs запускает удаление каталога

Поскольку вы просто удаляете каталог application/application/src, нет причин использовать find и т. д. Все, что вам нужно сделать, это:

rm -rf application/application/src

осталось:

application/application/logs/l2.txt
application/application/logs/l1.txt
application/application/config/c1.conf
application/application/config/c2.conf

cd application
find . -type d | egrep -v '(^\./$|^\./log|^\./config)' | while read DIR
do
   echo rm -rf $DIR
done

Это использует find для перечисления всех каталогов, передает через grep, чтобы исключить те, которые мы хотим сохранить (также для исключения «./», что будет PWD), и передает этот отфильтрованный список в цикл while, который выполняет удаление. Я поместил туда «эхо», чтобы вы могли проверить, делает ли это то, что вы действительно хотите. Если вы счастливы, удалите эхо. Поскольку возвращаемый список (DIR) будет в порядке дерева, например. d1, d1/d1a, d1/d1b и rm -rf d1 удалит нижние папки, вы можете добавить «if [ -d $DIR]» вокруг rm -rf.

Использование Баша:

for file in applications/*; do
    target="${file#*/}"
    if [[ $target != config && $target != logs ]]; then
        rm -rf "$file"
    fi
done

Нет необходимости в сложных find командах, просто используйте оболочку (при условии, что вы находитесь в папке приложения):

rm -r !(logs|config)

Это называется «Расширение имени пути» от man bash

         !(pattern-list)
                Matches anything except one of the given patterns