Переупорядочивание массива ячеек, содержащего строки

Вот альтернативный подход: вместо того, чтобы перебирать массив, создайте новый и заполните только ненулевые значения (примечание: если вы хотите избежать создания нового массива, вы можете в цикле создать временную копию строку, очистить строку в массиве и перезаписать). Кстати, с некоторым умным перетасовкой массива вы можете выполнить шаг 3 без цикла.

%# step 1: find non-zeros
nonZeros = cellfun(@(x) ~iscell(x) && ~isempty(x), tags);

%# step 2: create new array with all empty
[nRows,nCols] = size(tags);
newTags = cell(nRows,nCols);

%# step 3: for every row: copy the non-zero entries
[goodRows,goodCols] = find(nonZeros);

for iRow = 1:nCols;
    myGoodCols = goodCols(goodRows==iRow);
    nGoodCols = length(myGoodCols);
    if nGoodCols > 0 && nGoodCols < nCols
       %# shift everything
       newTags(iRow, 1:nGoodCols) = tags(iRow,myGoodCols);
    end
end

%# step 4 : write out tags
fid = fopen('tags.txt','w+');
for iRow = 1:nRows
    for iCol = 1:nCols
        if ~isempty(tags{iRow,iCol})
        fprintf(fid,'row %i col%i : ',iRow,iCol);
        fprintf(fid,'%s ',tags{iRow,iCol}{:});
        fprintf(fid,'\n');
        end
    end
end

Редактировать 2
Думаю, проблема в том, что ваши нули были не числами, а строками или символами. В этом случае просто замените if-аргументы преобразованием из ячейки в матрицу cell2mat, как показано в следующем коде. Надеюсь, это решит вашу проблему.

Если нет, не могли бы вы опубликовать строки кода, которые вы использовали для создания нулей и других элементов?

for k=1:200 %For looping on all columns 
    for i=1:46 %For  max rows
    try     
        if cell2mat(test_mat(1,i))== '0'
            test_mat{1,i}='';
            for j=i:46 % For max columns
              try
                if cell2mat(test_mat(1,j))~='0' 
                    test_mat{1,i}=test_mat{1,j};
                    test_mat{1,j}='';
                    break
                end
                catch exception
              end
            end

        end
    catch exception
    end
    end
end

Изменить 1

 for k=1:200 %For looping on all columns 
    for i=1:46 %For  max rows
    try
        if test_mat{k,i}==0
            test_mat{k,i}='';
            for j=i:46 % For max columns
              try
                if test_mat{k,j}~=0 
                    test_mat{k,i}=test_mat{k,j};
                    test_mat{k,j}='';
                    break
                end
                catch exception
              end
            end
        end
    catch exception
    end
    end
 end

Эй, это должно знать, замените ваши элементы правильно.
старый ответ Эй, не уверен в одном. Но это должно работать

for k=1:max_row
   try
      if cell2mat(test_mat(1,k)) ==0 
         for j=k:max_row
           if cell2mat(test_mat(1,j)) ~= 0
               test_mat(1,k) = test_mat(1,j);
               test_mat(1,j) = {''};
               break
           end
         end
      end
      catch exception
   end
end

Здесь я зацикливаюсь только на первой строке (для всех строк вы можете добавить еще один цикл, включая этот код). Первый if проверяет, равен ли элемент 0. Если да, то второй if проверяет ненулевой элемент в той же строке, но в более позднем столбце. Затем я записываю этот элемент на место 0 и заменяю его на [].
Я не уверен, что это эффективное решение в отношении времени выполнения.
И что я не уверен, так это ваша 7-я строка. Что там должно произойти? Перемещается ли 3 ненулевой элемент <1x7>cell на место <1x11>cell, остается там, где он есть, или возвращается на один слот назад?