Как запустить R в Google Compute Engine без ошибок сегментации

Я пытаюсь использовать вычислительный движок Google для запуска R, но продолжаю сталкиваться с ошибками сегментации. Вот что я сделал до сих пор:

1) Я установил Cygwin и Google Cloud SDK и успешно прошел аутентификацию в Google Cloud Platform.

2) Я создал виртуальную машину, используя предоставленный Google образ «debian-7-wheezy-v20140318» с машиной «n1-standard-4».

3) Я установил R (с дополнительным программным обеспечением) на эту виртуальную машину, используя команды

sudo apt-get update
sudo apt-get install -y libopenblas-base openmpi-bin libopenmpi-dev r-base openjdk-7-jre openjdk-7-jdk

4) Я проверил, что программное обеспечение установлено с помощью команды

apt-cache policy r-base

который возвращает, что установлена ​​версия 2.15.1-4.

Каждый раз, когда я пытаюсь отправить простой R-скрипт для установки некоторых распространенных пакетов R (с помощью команды «sudo R CMD BATCH --no-save installRpkgs.R»), журнал вывода выдает мне ошибку

Segmentation fault

Когда я подключаюсь к виртуальной машине по ssh и пытаюсь явно запустить R, я также получаю ту же ошибку. У меня такое чувство, что я что-то упускаю. Возможно, мне нужно указать память или права на запись. Я не уверен, так как я все еще новичок в облачных вычислениях. Если кто-то может помочь ВООБЩЕ, я был бы так благодарен.

Спасибо!

РЕДАКТИРОВАТЬ: после некоторого устранения неполадок мне удалось определить, что виновником является «libopenblas-base». Не уверен, почему это вызывает это, но пока я просто продолжил без него.


person Link    schedule 03.04.2014    source источник
comment
Я столкнулся с точно такой же проблемой. Интересно, в чем проблема? Спасибо, что опубликовали это.   -  person bloosh    schedule 28.10.2014


Ответы (1)


Вы можете установить пакет «strace», а затем запустить «sudo strace R CMD BATCH --no-save installRpkgs.R», чтобы увидеть, какие вызовы были сделаны, и их статус выхода. К сожалению, я не знаком с проблемой, с которой вы сталкиваетесь, но strace может быть очень полезен для выяснения проблемы, когда сама программа практически не выдает никаких результатов.

person j k    schedule 04.04.2014