Преобразование списка в фрейм данных

У меня есть следующий список (к вашему сведению, этот список является частью пакета Bioconductor «gageData» и может быть установлен следующим образом):

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("gageData")

а потом

library(gageData)
data(kegg.sets.ko)
kegg.sets.ko[1:2]
$`ko00010 Glycolysis / Gluconeogenesis`
    [1] "K00001" "K00002" "K00016" "K00114" "K00121" "K00128" "K00129" "K00131" "K00134" "K00149" "K00150" "K00161" "K00162" "K00163"
    [15] "K00169" "K00170" "K00171" "K00172" "K00382" "K00627" "K00844" "K00845" "K00850" "K00873" "K00886" "K00918" "K00927" "K01084"
    [29] "K01085" "K01222" "K01223" "K01568" "K01596" "K01610" "K01622" "K01623" "K01624" "K01689" "K01785" "K01792" "K01803" "K01810"
    [43] "K01834" "K01835" "K01837" "K01895" "K01905" "K02446" "K02749" "K02750" "K02752" "K02753" "K02777" "K02778" "K02779" "K02790"
    [57] "K02791" "K03738" "K03841" "K04022" "K04041" "K04072" "K05344" "K06859" "K08074" "K10705" "K11389" "K11532" "K11645" "K12406"
    [71] "K12407" "K13810" "K13951" "K13952" "K13953" "K13954" "K13980" "K13997" "K14028" "K14029" "K14085" "K15633" "K15634" "K15635"
    [85] "K15778" "K15779" "K15916" "K15917" "K16305" "K16306" "K16370"

$`ko00020 Citrate cycle (TCA cycle)`
    [1] "K00024" "K00025" "K00026" "K00030" "K00031" "K00161" "K00162" "K00163" "K00164" "K00169" "K00170" "K00171" "K00172" "K00174"
    [15] "K00175" "K00176" "K00177" "K00234" "K00235" "K00236" "K00237" "K00239" "K00240" "K00241" "K00242" "K00244" "K00245" "K00246"
    [29] "K00247" "K00382" "K00627" "K00658" "K01596" "K01610" "K01643" "K01644" "K01646" "K01647" "K01648" "K01676" "K01677" "K01678"
    [43] "K01679" "K01681" "K01682" "K01899" "K01900" "K01902" "K01903" "K01958" "K01959" "K01960" "K13997" "K15230" "K15231"

Список группирует ряд K-ID в несколько классов. K-ID не уникальны, а это означает, что они могут присутствовать более чем в одном классе. Я хотел бы построить кадр данных из этого списка с двумя столбцами, первый с УНИКАЛЬНЫМИ K-ID, а второй с классами, в которых он изначально присутствовал. например, K-id K00170 присутствует в обеих группах в приведенном выше подмножестве, тогда я хотел бы иметь что-то вроде следующего:

KOID   Class
K00170 ko00010 Glycolysis / Gluconeogenesis; ko00020 Citrate cycle (TCA cycle)

r bioconductor
person ChristianD    schedule 24.03.2014    source источник

Ответы (1)


arrow_upward
1
arrow_downward

Создайте фрейм данных, реплицируя имена элементов списка (класс) и удаляя из списка идентификаторы (KOID).

df = data.frame(Class=rep(names(kegg.sets.ko), sapply(kegg.sets.ko, length)), 
                KOID=unlist(kegg.sets.ko, use.names=FALSE),
                stringsAsFactors=FALSE)

Агрегируйте столбец «Класс» по KOID, используя функцию вставки, чтобы свернуть классы с одинаковым KOID.

aggregate(Class ~ KOID, df, paste, collapse="; ")
person Martin Morgan    schedule 24.03.2014
comment
@ Мартин - Спасибо. Очень полезно увидеть разные подходы. Вы ненастоящие люди! Я так многому учусь благодаря этому! - person ChristianD; 25.03.2014