install.packages R в Ubuntu 12.04 загружает, но не устанавливает пакеты

Я в недоумении. Я проделывал этот процесс десятки раз и никогда не сталкивался с этой проблемой.

Я установил последнюю версию R для Ubuntu

Я ввожу R, никаких проблем, мне выдает последнюю версию, и я могу загружать нативные пакеты.

Но когда я пытаюсь установить новые пакеты, они загружаются, но я ничего не получаю. Например, если я устанавливаю ggplot2:

> install.packages("ggplot2")
Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
also installing the dependencies ‘colorspace’, ‘stringr’, ‘RColorBrewer’, ‘dichromat’, ‘munsell’, ‘labeling’, ‘plyr’, ‘digest’, ‘gtable’, ‘reshape2’, ‘scales’, ‘proto’

trying URL 'http://rweb.quant.ku.edu/cran/src/contrib/colorspace_1.2-4.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 242791 bytes (237 Kb)
opened URL
==================================================
downloaded 237 Kb

trying URL 'http://rweb.quant.ku.edu/cran/src/contrib/stringr_0.6.2.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 20636 bytes (20 Kb)
opened URL
==================================================
downloaded 20 Kb

[snip ... ]

trying URL 'http://rweb.quant.ku.edu/cran/src/contrib/ggplot2_0.9.3.1.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 2330942 bytes (2.2 Mb)
opened URL
==================================================
downloaded 2.2 Mb


The downloaded source packages are in
        ‘/tmp/RtmpoPUAFL/downloaded_packages’
> library(ggplot2)
Error in library(ggplot2) : there is no package called ‘ggplot2’

Я несколько раз полностью очищал файлы, но безуспешно.

Я вошел в систему как root.

Я чувствую, что упускаю что-то очевидное? Я не знаю — я проделывал то же самое десятки раз на Ubuntu, Mac, Windows и Debian. Помощь?


r install.packages
person Erik Westlund    schedule 17.02.2014    source источник
comment
Вы используете Amazon EC2 или что-то подобное?   -  person jdharrison    schedule 17.02.2014
comment
Да, я на VPS (Digital Ocean). Я проделывал один и тот же процесс установки на Linode дюжину раз. Вот еще одна подсказка. Я только что установил на отдельный VPS, который будет моим рабочим сервером, и у меня не было проблем.   -  person Erik Westlund    schedule 17.02.2014
comment
У меня была похожая проблема, когда я запускал микроэкземпляр на Amazon EC2. Оперативной памяти было недостаточно, и установка пакетов привела к тому, что вы описали. Я исправил это, включив некоторый обмен, см. stackoverflow.com/questions/17173972/   -  person jdharrison    schedule 17.02.2014
comment
Это сработало. БЛАГОДАРЮ ВАС.   -  person Erik Westlund    schedule 17.02.2014
comment
также, когда вы запускаете R, запускается как $ sudo R, если у вашего пользователя есть разрешения sudo. Это позволяет записывать в каталог R в домашнем каталоге пользователя по умолчанию - в противном случае вы можете получить отказ в разрешении!   -  person vagabond    schedule 29.04.2015

Ответы (3)


arrow_upward
8
arrow_downward

@jdharrison помог. Проблема заключалась в нехватке памяти на VPS, на котором я работал, поэтому я добавил своп, как описано здесь:

Как добавить swap в экземпляр EC2?

person Erik Westlund    schedule 17.02.2014

arrow_upward
3
arrow_downward

Посмотрите на последние строки:

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpoPUAFL/downloaded_packages’

Вы должны перейти в каталог /tmp/RtmpoPUAFL/downloaded_packages (cd ...), а затем установить их вручную в порядке, указанном выше. Так

R CMD INSTALL colorspace_1.2-4.tar.gz
R CMD INSTALL stringr_0.6.2.tar.gz
R CMD INSTALL ggplot2_0.9.3.1.tar.gz

Затем попробуйтеlibrary(ggplot2) теперь должно работать

Я понятия не имею, почему вам иногда приходится это делать... Кто-нибудь знает, я тоже рад этому научиться.

person Rentrop    schedule 17.02.2014

arrow_upward
3
arrow_downward

Если на вашем сервере недостаточно оперативной памяти, R не может устанавливать пакеты.

Решение состоит в том, чтобы либо увеличить физическую оперативную память, либо увеличить размер файла подкачки.

Создайте файл подкачки размером 2 гига.

sudo fallocate -l 2G /swap.img
sudo mkswap /swap.img
sudo swapon /swap.img

Вы можете увидеть, сколько свободного свопа доступно с помощью команды swapon

root@foo:# swapon -s
Filename                Type        Size    Used    Priority
/swap.img                               file        2097148 213388  -1
person spuder    schedule 17.03.2014