Диапазон stat_function усечен

Я пытаюсь использовать ggplot2 для построения некоторых данных и подгонки нелинейных кривых. Я хочу использовать stat_function с объектами nls, которые я уже определил, но в результате получается усеченная кривая. Я просмотрел следующие страницы, но пока не нашел решения:

R - экстраполированные линии регрессии ggplot2 в линейной области

Построение большого числа пользовательских функций в ggplot в R с помощью stat_function ()

http://docs.ggplot2.org/0.9.3/stat_function.html

Эквивалент кривой () для ggplot

Я не очень разбираюсь в ggplot2, поэтому прошу прощения, если мне не хватает чего-то простого, и я благодарен за любую помощь. Вот мой пример данных:

df=structure(list(Spp = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L), .Label = c("Dugentia", "Eugenia", 
"Faramea", "Licania", "Mouriri"), class = "factor"), Tx = structure(c(1L, 
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 
2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L), .Label = c("Control", 
"Drought"), class = "factor"), no. = structure(c(1L, 3L, 4L, 
5L, 6L, 1L, 3L, 4L, 5L, 6L, 1L, 3L, 4L, 5L, 6L, 1L, 3L, 4L, 5L, 
6L, 1L, 3L, 4L, 5L, 6L, 1L, 3L, 4L, 5L, 6L, 1L, 3L, 4L, 5L, 6L, 
5L, 6L, 7L, 8L, 5L, 6L, 7L, 8L, 5L, 6L, 7L, 8L, 5L, 6L, 7L, 8L, 
5L, 6L, 7L, 8L, 5L, 6L, 7L, 8L, 5L, 6L, 7L, 8L), .Label = c("1", 
"101", "2", "3", "4", "5", "6", "7", "7A", "9"), class = "factor"), 
Fv.Fm = c(0.74, 0.702, 0.797, 0.782, 0.769, 0.759, 0.701, 
0.805, 0.79, 0.775, 0.763, 0.725, 0.8, 0.786, 0.774, 0.759, 
0.664, 0.791, 0.776, 0.758, 0.729, 0.592, 0.757, 0.722, 0.681, 
0.66, 0.084, 0.652, 0.633, 0.63, 0.569, 0.259, 0.424, 0.376, 
0.432, 0.771, 0.696, 0.685, 0.761, 0.782, 0.772, 0.736, 0.775, 
0.784, 0.755, 0.707, 0.746, 0.777, 0.765, 0.705, 0.744, 0.706, 
0.55, 0.582, 0.635, 0.615, 0.384, 0.504, 0.513, 0.584, 0.378, 
0.328, 0.302), Temp. = c(27L, 27L, 27L, 27L, 27L, 30L, 30L, 
30L, 30L, 30L, 35L, 35L, 35L, 35L, 35L, 40L, 40L, 40L, 40L, 
40L, 45L, 45L, 45L, 45L, 45L, 48L, 48L, 48L, 48L, 48L, 50L, 
50L, 50L, 50L, 50L, 27L, 27L, 27L, 27L, 30L, 30L, 30L, 30L, 
35L, 35L, 35L, 35L, 40L, 40L, 40L, 40L, 45L, 45L, 45L, 45L, 
48L, 48L, 48L, 48L, 50L, 50L, 50L, 50L)), .Names = c("Spp", 
"Tx", "no.", "Fv.Fm", "Temp."), class = "data.frame", row.names = c(NA, 
63L))

Вот что у меня есть для построения графика с помощью ggplot2:

library(ggplot2)
f1 = ggplot(data = df, aes(x = Temp., y = Fv.Fm, group = Tx) )
f2<-f1+
  geom_point(aes(shape=Tx, fill=Tx), size=4)
f3 <- f2 +  scale_x_continuous("Temperature (°C)", limits=c(25,55)) +
  scale_y_continuous("Fv/Fm", limits = c(0, 1)) +
  scale_shape_manual(values=c(24,21)) +
  scale_fill_manual(values=c("#4D4D4D","#E6E6E6")) +
  theme_bw()
d4 <- f3 + theme(panel.grid.major = element_blank(), 
                 panel.grid.minor = element_blank(),
                 axis.text.x = element_text(size = 11),
                 axis.text.y = element_text(size = 11),
                 legend.title = element_blank(),
                 legend.text = element_text(size=12))

Все это работает хорошо, но затем, когда я создаю объект nls и пытаюсь использовать его с stat_function, я получаю усеченную кривую. Я хотел бы продолжить кривую до оси x. Также возникает ошибка.

my.nls<-nls(Fv.Fm~a*(-exp(Temp.)+b), data = df, start=list(a=1*10^-20, b=5*10^21))
new<-d4+stat_function(fun=function(x){coef(my.nls)[1]*(-exp(x)+coef(my.nls)[2])})
new

Я хочу что-то более похожее на следующее, использующее базовую функциональность r, но со всеми наворотами, предлагаемыми ggplot2, и, в конечном итоге, с одной кривой nls для каждого лечения (Tx).

x<-seq(27, 55, length.out = 200)
y <- predict(my.nls,list(Temp. = x))
plot(df$Temp., df$Fv.Fm)
lines(x,y)

r plot ggplot2 nls
person user2860703    schedule 12.02.2014    source источник

Ответы (1)


arrow_upward
0
arrow_downward

Попробуй это:

df.new=data.frame(x=seq(20,60,0.1),
                  y=coef(my.nls)[1]*(-exp(seq(20,60,0.1))+coef(my.nls)[2]))
d4+geom_line(aes(Temp.,y,group=NULL),data=df.new)+
  xlim(20,60)+ylim(-.1,1)

Проблема в том, что stat_function(...) оценивает функцию для x в диапазоне, указанном в вашем наборе данных по умолчанию, df. Начиная с max(df$temp.) = 50, функция вычисляется только до x = 50.

Между прочим, не очень подходит. Я бы определенно искал другую модель.

person jlhoward    schedule 12.02.2014
comment
Спасибо за предложение! Одно замечание для других людей, пытающихся сделать что-то подобное ... Мне пришлось заменить «Темп». с 'x' в вашем коде (как показано ниже), чтобы он воспроизводил график, который вы показываете. Еще раз спасибо. d4 + geom_line (aes (x, y, group = NULL), data = df.new) + + xlim (20,60) + ylim (-. 1,1) - person user2860703; 16.02.2014