Каждая частица ROI Analyze в отдельном выходном файле; ИзображениеJ

Привет всем из Словении!

Моя проблема: я запускаю анализ частиц в разных областях интереса, используя следующий макрос:

id = getImageID();
for (i=0 ; i<roiManager("count"); i++) {
    selectImage(id);
    roiManager("select", i);
    run("Analyze Particles...", "size=0.008-Infinity circularity=0.00-1.00 show=Outlines display");
}

Меня беспокоит то, что я получаю все результаты в одном выходном файле. Мне нужно, чтобы каждый ROI был в отдельном файле (чтобы я мог открыть его позже в R). Итак, я был бы признателен за любое предложение, как я могу изменить макрос, чтобы получить каждый результат анализа частиц ROI в другом файле (контуры и таблица результатов).

Спасибо, Джерри


output imagej roi
person JerryTheForester    schedule 28.01.2014    source источник

Ответы (1)


arrow_upward
0
arrow_downward

В вашем предыдущем вопросе я отредактировал мой ответ, чтобы включить следующие дополнительные пояснения:

  • Вы получаете имя текущей ROI, используя Roi.getName(), которое вы можете использовать для имени файла результатов:

    current = Roi.getName();
saveAs("Results", "/path/to/results/Results_" + current + ".txt");

  • Кроме того, вы можете включить название текущей области интереса в каждую строку результатов, установив флажок Отображать метку в диалоговом окне Анализ > Задать измерения..., в результате чего появится команда макроса, аналогичная к этому:

    run("Set Measurements...", "area display redirect=None decimal=3");

См. документацию по языку макросов и архивы списков рассылки ImageJ, прежде чем публиковать новые вопросы, связанные с макросами ImageJ.

Чтобы сохранить контуры, вы можете сохранить полученное изображение соответствующим образом, назвав его именем ROI.

person Jan Eglinger    schedule 28.01.2014