Nagios отправляет письма на оба идентификатора

Не зная конфигурации, трудно догадаться, но я думаю, что вы используете неправильную конфигурацию.

Это должно выглядеть так:

Ваша конфигурация хоста:

define host{
        use                     **host-template**
        host_name               **hostname**
        hostgroups              **if you have any**
        address                 **the IP**
        contacts                **Admin for Host**
}

Ваша конфигурация службы (например, ЦП)

define service{
        use                     service-template-interval-60min
        service_description     CPU
        host_name               **hostname**
    check_command           check_nrpe_var!check_var_load!15,10,5!30,25,20
        contacts                **Your Admin Contact for Service**
}