Шифрование и дешифрование сообщения с помощью Blowfish

Как говорит @WhozCraig, выполняйте действия по 8 байтов за раз.

Шифруемые данные следует рассматривать как массив байтов, а не как строку C.
Итак, рассмотрите строку для шифрования с помощью \0 и дополненную случайными данными, чтобы сформировать массив байтов, который является кратным из 8.
Вызовите шифрование несколько раз, шифруя 8 байтов за итерацию.

Чтобы расшифровать, вызовите расшифровку такое же количество итераций. Обратите внимание, что размер буфера результатов может быть кратен 8.

const unsigned char *in = "Message to encrypt";
size_t InSize = strlen(in) + 1;
int KeyLen = strlen(crypt_key);
size_t OutSize = (InSize + 7) & (~7);
unsigned char *out = malloc(Outsize);
unsigned char *outnext = out;
//Defining encryption key
BF_set_key(key, KeyLen, crypt_key);

//Encryption
while (InSize >= 8) {    
  BF_ecb_encrypt(in, outnext, key, BF_ENCRYPT);
  in += 8;
  outnext += 8;
  InSize -= 8;
}
if (Insize > 0) {  // Cope with non-octal length
  unsigned char buf8[8];
  memcpy(buf8, in, InSize);
  for (i=InSize; i<8; i++) {
    buf8[i] = rand();
  }  
  BF_ecb_encrypt(buf8, outnext, key, BF_ENCRYPT);
}

//Décryption
unsigned char *result = malloc(OutSize);
unsigned char *resultNext = result;
while (OutSize) {
  BF_ecb_encrypt(out, resultNext, key, BF_DECRYPT);
  out += 8;
  resultNext += 8;
  OutSize -= 8;
}

fprintf(stdout,"Result: %s\n",result);
// No need to print the random bytes that were generated.
return 0;
}

Не совсем удобно иметь известный байт (\0), закодированный в последнем блоке. Индикация другой длины может быть разумной.