Я хотел бы, чтобы Eclipse и Netbeans (с JUnit) были установлены в одной системе, поэтому я могу быть немного знаком с обоими.
Помимо разработки графического интерфейса (см. "Использование как Eclipse, так и Netbeans"), существуют ли другие проблемы с использованием обеих IDE в одной системе или даже в одном проекте?