Как реализовать мягкое удаление в DataGridView

Вы можете обработать событие с UserDeletingRow по Cancel вручную и выполнить свое собственное deletion следующим образом:

private void dataGridView1_UserDeletingRow(object sender, DataGridViewRowCancelEventArgs e){
   e.Cancel = true;//Cancel the actual deletion of row
   //You can just hide the row instead
   e.Row.Visible = false;
   //Then set the IsDeleted of the underlying data bound item to true
   ((YourObject)e.Row.DataBoundItem).IsDeleted = true;
}

Вы только что сказали, что у вашего объекта есть свойство с именем IsDeleted, поэтому я полагаю, что оно называется YourObject, вам нужно привести DataBoundItem к этому типу, чтобы вы могли получить доступ к свойству IsDeleted и установить для него значение true. Это все.