Проблема с записью массива двойников в файл

Добавление в качестве официального ответа после комментариев:

У вас есть следующая строка:

diff = (double *)malloc(fileSize);

Обратите внимание, что при malloc(fileSize) вы выделяете в памяти байты для файла fileSize. Каждый двойной занимает 8 байт (более или менее в зависимости от платформы), поэтому в вашем массиве будет элемент fileSize/8. Вы УВЕРЕНЫ, что n никогда не превышает количество элементов в вашем массиве?

Причина, по которой ваша программа может правильно работать с printf, а не с fprintf, заключается в том, что ошибки памяти очень и очень незаметны. Если вы начнете использовать память, которую вы не выделили, тогда все может быть хорошо в течение короткого периода времени, но все пойдет наперекосяк, когда другая часть программы вполне законно решит начать использовать тот кусок памяти, который вы уже используете.

Правильный спецификатор преобразования для печати значения double — это %f, а не %lf.

C99 не указывает, что принимает %lf. Ваша реализация может предоставить %lf в качестве расширения для long doubles или что-то в этом роде, но вам нужно сопоставить тип переменной со спецификатором преобразования. Проверьте документацию для вашего компилятора.

Если у вас есть long doubles, правильным спецификатором преобразования C99 будет %Lf.

Редактировать после редактирования вопроса

            for(j = 1; j < n; j++ )
            {
                    diff[i] = data[i] - data[i-1];
            }

Переменная цикла — j, индексы для различий и данных — i. Была ли это ошибка копирования/вставки или это ваша настоящая проблема? :)

Второе изменение

Хммм... этот malloc(fileSize) выглядит очень, очень подозрительно.
Разве вы не знаете, сколько элементов вам нужно, исходя из количества элементов в массиве data? Используйте это вместо этого.

diff = malloc(number_of_elements_in_array_data * sizeof *diff);

Это может быть тот факт, что у вас есть массив, инициализированный нулем, т.е. 0.0 через memset или аналогичный. И при повторении массива он вытащил значение смещения, равное нулю (это может быть то, что вы перераспределили/переоценили размер массива).

if((fp2 = fopen("temp", "wt")) == NULL) { 
   perror("File cannot be opened"); 
   exit(1); 
}

for(int k = 0; k < j; k++ )
{
if (diff[k] > 0.0) fprintf(fp2, "%0.3lf\n", diff[k]);      
}

Я добавил дополнительную логику, чтобы проверить, больше ли значение в указанном смещении в массиве нуля, чтобы поместить его в файл.

Другое дело, когда вы указываете тип режима доступа в функции fopen(...), он по умолчанию бинарный. На самом деле следует t указать текстовый режим, как показано выше.

Надеюсь, это поможет. С уважением, Том.

Если вы просто хотите напечатать первое значение и различия между последовательными значениями, зачем возиться с массивом различий? Почему бы не сделать это простым способом?

fprintf(fp2, "%Lf\n", data[0]);
for(j = 1; j < n; j++ )
{
  fprintf(fp2, "%Lf\n", data[j] - data[j-1]);
}

Как указал другой парень, ваш malloc(), вероятно, является поддельным, и это то, что вас беспокоит.