MathJax — как я могу использовать его на страницах Github?

На самом деле у вас действительно есть MathJax, работающий с первой страницей, которую вы цитируете (другая ссылка кажется неработающей). Если вы заметили первое уравнение, оно было набрано MathJax (обратите внимание, что его контекстное меню принадлежит MathJax). Проблема в том, что Markdown превращает ваши символы подчеркивания в теги <em>, а это означает, что MathJax не будет обрабатывать эти уравнения (MathJax не обрабатывает математику, содержащую HTML-теги).

Одно из решений — поставить пробелы вокруг символов подчеркивания, чтобы Markdown их игнорировал.

Другой способ — использовать обратные кавычки (`) вокруг математики, чтобы перевести ее в «дословный» режим, чтобы Markdown не менял ее содержимое. Это может привести к тому, что математика будет заключена в теги <code>, которые MathJax проигнорирует. Поэтому вам нужно будет изменить свою конфигурацию, чтобы включить

tex2jax: {
  skipTags: ["script","noscript","style","textarea","pre"]
}

(по умолчанию в этом списке "code"), так что MathJax будет обрабатывать содержимое <code> тегов.

Дополнение:

Блоки кода стилей вашей темы с белым текстом на черном фоне, поэтому вы можете добавить дополнительный CSS, чтобы вернуть это обратно. Вы можете сделать это где-нибудь в элементах управления вашей темой, но вы также можете добавить

styles: {
  code: {
    "font-family": "inherit",
    "color": "inherit!important",
    "background": "inherit!important"
  }
}

к вашей конфигурации MathJax, и он установит стили для вас. Обратите внимание, что это также изменит способ отображения любого материала с обратной галочкой. Если вы хотите, чтобы это влияло только на вывод MathJax, это потребует больше работы.