-R не работает с chmod?

С командой:

chmod -R 664 *.html

Оболочка расширит указанные пути к файлам (*.html) и будет работать только с ними. Это будут все html-файлы в текущем каталоге. Он не будет перемещаться по каталогам, если у вас нет каталога, соответствующего этому шаблону, и в этом случае все в этой папке будет изменено.

Чтобы сделать то, что вы хотите сделать, вам нужно использовать find:

find . -name "*.html" -exec chmod 664 {} \;

Если html-файлы, которые вы хотите изменить, находятся всего на один или два уровня ниже, вы можете сделать что-то вроде этого:

chmod 664 *.html */*.html */*/*.html

и т.д. Но find будет общим решением.