открытие необработанного файла с помощью imagej в командной строке

Я пытаюсь создать файл .bat для чтения файлов .bsv и превращения их в цветные png. Первая часть этого заключается в использовании imagej для открытия .bsv, а затем с использованием плагина «сохранить все», который я добавил. Я пытался сделать макрос, но он просто выдает мне ошибки. Как бы я в командной строке с изображением j сделал:

File->import->raw->myfile.bsv и выберите 8-бит, ширина: 4000, высота: 2672, смещение до первого изображения: 0, количество изображений: 40, промежуток между изображениями: 0, обратный порядок байтов .

тогда

плагины->Сохранить все

Спасибо за любую помощь, которую вы можете предложить!


cmd image batch-file image-processing imagej
person singmotor    schedule 09.08.2013    source источник
comment
Stack Overflow — это сайт вопросов и ответов для профессиональных программистов и программистов-энтузиастов. Вопросы должны демонстрировать минимальное понимание решаемой проблемы. Расскажите нам, что вы пытались сделать, почему это не сработало и как это должно работать. См. также контрольный список вопросов о переполнении стека.   -  person Endoro    schedule 10.08.2013
comment
Прошу прощения за то, что не смог продемонстрировать свои усилия @Endoro. Но я много пытался создать этот файл .bat. Я попытался создать макрос (фактически несколько) и использовать код команды -macro nameofMacro.ijm и -batch nameofMacro.ijm. Я также прочитал о запуске inage j через командную строку и попробовал несколько вещей, но не могу найти команду imagej для импорта данных .raw. Я создал весь оставшийся файл .bat (после сохранения изображений в градациях серого мне нужно изменить их все и отправить в другие программы). Мне просто нужна помощь с этой частью. Я был бы признателен, если бы вы удалили свой отрицательный голос!   -  person singmotor    schedule 11.08.2013
comment
Документация командной строки для программного обеспечения находится здесь: rsbweb.nih.gov/ ij/docs/guide/146-18.html   -  person 576i    schedule 11.08.2013
comment
@576i, я уже прочитал. Как я уже упоминал в своем комментарии, я пробовал макрокоманды, и они не работали. И команда запуска для пунктов меню может указать ввод данных для необработанных данных.   -  person singmotor    schedule 11.08.2013

Ответы (1)


arrow_upward
2
arrow_downward

С помощью устройства записи макросов (Плагины > Макросы > Запись...) в ImageJ описанная вами процедура создает следующий код:

run("Raw...", "open=/path/to/myfile.bsv image=8-bit width=4000 height=2672 offset=0 number=40 gap=0 little-endian");
run("Save All");

Если вы сохраните этот файл макроса, например. как mymacro.ijm, вы сможете запускать ImageJ с параметром макроса следующим образом (в зависимости от вашей платформы):

-macro mymacro.ijm

Надеюсь, это поможет.

person Jan Eglinger    schedule 14.08.2013
comment
Это то, что я делал, но, похоже, это не работает. Он просто говорит: «-macro» не распознается как внутренняя или внешняя команда, исполняемая программа или пакетный файл. - person singmotor; 14.08.2013
comment
Вы пробовали java -jar ij.jar -macro mymacro.ijm? Кроме того, вы можете попробовать дистрибутив Fiji, который предоставляет удобные средства запуска для каждой платформы. - person Jan Eglinger; 15.08.2013
comment
который возвращает ошибку: невозможно получить доступ к jarfile ij.jar - person singmotor; 16.08.2013
comment
Убедитесь, что вы запускаете команду в той же папке, где находится ij.jar, или укажите полный путь к вашему ij.jar. Если вы используете Fiji, просто используйте fiji-win32 mymacro.ijm (или измените имя программы запуска в соответствии с вашей платформой). - person Jan Eglinger; 19.08.2013