Я запускаю задания удаленно, а в кластере, на котором я их запускаю, нет нужного мне пакета R. Я попытался установить его, используя:
if(!require(hglm)){install.packages("hglm");require(hglm)}
и понимаю, что мне необходимо выбрать зеркало CRAN. Я попытался добавить:
selectCRANmirror()
к сценарию, но получил сообщение об ошибке, не может выбрать зеркало CRAN неинтерактивно.
Затем я попытался добавить:
selectCRANmirror(ind=72)
так как это то, что я бы использовал на своем локальном компьютере, чтобы настроить зеркало CRAN на Великобританию (Сент-Эндрюс), но это генерирует сообщение об ошибке:
Error in chooseCRANmirror(ind = 72) : unused argument(s) (ind = 72)
Мне было интересно, может ли кто-нибудь объяснить, как выбрать зеркало CRAN на удаленном устройстве?
Я изменил свой сценарий, включив в него предложенную строку:
if(!require(hglm)){install.packages("hglm",repos="http://cran.us.r-project.org")
заменив на "http://star-www.st-andrews.ac.uk/cran" (зеркало Сент-Эндрюс) и получил следующее сообщение (я включил предыдущие сценарии, чтобы помочь понять, в чем заключается проблема):
setwd("~/lustre2/s0784669")
load("df1QCMAF.RData")
.libPaths('~/RLibrary')
if(!require(GenABEL)){install.packages("GenABEL");require(GenABEL)}
#Loading required package: GenABEL
#Loading required package: MASS
#GenABEL v. 1.7-6 (May 16, 2013) loaded
if(!require(hglm)){install.packages("hglm",repos="http://star-www.st-andrews.ac.uk/cran");require(hglm)}
#Loading required package: hglm
#Installing package(s) into '/export/users/s0784669/RLibrary'
#(as 'lib' is unspecified)
#Warning: unable to access index for repository http://star-www.st-andrews.ac.uk/cran/src/contrib
Я пытался:
library(RCurl)
url.exists("http://star-www.st-andrews.ac.uk/cran")
для проверки доступа в Интернет на кластере и получил следующее сообщение:
library(RCurl);
#Loading required package: bitops
url.exists("star-www.st-andrews.ac.uk/cran")
#[1] FALSE
Предполагает отсутствие доступа к Интернету. Так должен ли я получить доступ к исходному коду? А это доступно?
library(RCurl); url.exists("http://star-www.st-andrews.ac.uk/cran")
. - person Thomas   schedule 29.07.2013