Глобально отключен ini_set, но переопределен ini_set для домена

Вы не можете. Если вы отключите его, от этой функции не будет никакого выхода.

Возможно, вы можете включить переопределение php.ini и поместить отдельный php.ini в нужную папку, чтобы включить его, и снова использовать set_ini.

Если вы используете php как модуль, вы можете использовать .htaccess с php_flag or php_value для установки желаемых значений или флагов.

Пример: php_value memory_limit 32M или php_flag display_errors 1 (ошибки отображения должны также работать со значением и правилом флага)