Вызов функции Python из MATLAB

У меня было аналогичное требование к моей системе, и это было моим решением:

В MATLAB есть функция perl.m, которая позволяет вам вызывать скрипты perl из MATLAB. В зависимости от того, какую версию вы используете, он будет где-то вроде

C:\Program Files\MATLAB\R2008a\toolbox\matlab\general\perl.m

Создайте копию с именем python.m, выполните быстрый поиск и замену perl на python, дважды проверьте путь к команде, который он устанавливает, чтобы указать на вашу установку python. Теперь вы должны иметь возможность запускать скрипты Python из MATLAB.

Пример

Простая функция в квадрате в Python, сохраненная как "sqd.py", естественно, если бы я делал это правильно, у меня было бы несколько проверок при проверке входных аргументов, действительных чисел и т. Д.

import sys

def squared(x):
    y = x * x
    return y

if __name__ == '__main__':
    x = float(sys.argv[1])
    sys.stdout.write(str(squared(x)))

Затем в MATLAB

>> r=python('sqd.py','3.5')
r =
12.25
>> r=python('sqd.py','5')
r =
25.0
>>

В Matlab 2014b библиотеки Python можно вызывать непосредственно из Matlab. Ко всем именам пакетов добавляется префикс py.:

>> wrapped = py.textwrap.wrap("example")

wrapped = 

  Python list with no properties.

    ['example']

Попробуйте этот MEX-файл для НАСТОЯЩЕГО вызова Python из MATLAB, а не наоборот, как предлагают другие. Он обеспечивает довольно приличную интеграцию: http://algoholic.eu/matpy/

Вы можете легко сделать что-то вроде этого:

[X,Y]=meshgrid(-10:0.1:10,-10:0.1:10);
Z=sin(X)+cos(Y);
py_export('X','Y','Z')
stmt = sprintf(['import matplotlib\n' ...
'matplotlib.use(''Qt4Agg'')\n' ...
'import matplotlib.pyplot as plt\n' ...
'from mpl_toolkits.mplot3d import axes3d\n' ...
'f=plt.figure()\n' ...
'ax=f.gca(projection=''3d'')\n' ...
'cset=ax.plot_surface(X,Y,Z)\n' ...
'ax.clabel(cset,fontsize=9,inline=1)\n' ...
'plt.show()']);
py('eval', stmt);

Вы можете встроить свой скрипт Python в программу C, а затем MEX программа C с MATLAB, но это может быть много работы по сравнению с сохранением результатов в файл.

Вы можете вызывать функции MATLAB в Python, используя PyMat. Помимо этого, SciPy имеет несколько дублирующих функций MATLAB.

Но если вам нужно запустить сценарии Python из MATLAB, вы можете попробовать запустить system, чтобы запустить сценарий и сохранить результаты в файле и прочитать его позже в MATLAB.

Как сказал @dgorissen, Jython - самое простое решение.

Просто установите Jython с домашней страницы.

Потом:

javaaddpath('/path-to-your-jython-installation/jython.jar')

import org.python.util.PythonInterpreter;

python = PythonInterpreter; %# takes a long time to load!
python.exec('import some_module');
python.exec('result = some_module.run_something()');
result = python.get('result');

См. Несколько примеров в документации.

Осторожно: я никогда не работал с Jython, и кажется, что стандартная библиотека, известная по CPython, не полностью реализована в Jython!

Небольшие примеры, которые я тестировал, работали отлично, но вы можете обнаружить, что вам нужно добавить свой каталог кода Python к sys.path.

Самый простой способ сделать это - использовать system.

В общем, вы должны выполнить функцию Python в MATLAB, как в командной строке (Windows) или оболочке (Linux):

system('python pythonfile.py')

Вышеупомянутое предназначено для простого запуска файла Python. Если вы хотите запустить функцию Python (и дать ей несколько аргументов), вам понадобится что-то вроде:

system('python pythonfile.py argument')

В качестве конкретного примера возьмите код Python из ответа Адриана на этот вопрос и сохраните его в файл Python, то есть test.py. Затем поместите этот файл в свой каталог MATLAB и выполните следующую команду на MATLAB:

system('python test.py 2')

И вы получите на выходе 4 или 2 ^ 2.

Примечание: MATLAB ищет в текущем каталоге MATLAB любой файл Python, который вы указываете с помощью команды system.

Это, вероятно, самый простой способ решить вашу проблему, поскольку вы просто используете существующую функцию в MATLAB для выполнения ваших ставок.

Начиная с Matlab 2014b функции Python можно вызывать напрямую. Используйте префикс py, затем имя модуля и, наконец, имя функции, например:

result = py.module_name.function_name(parameter1);

Не забудьте добавить скрипт в путь поиска Python при вызове из Matlab, если вы находитесь в другом рабочем каталоге, чем у скрипта Python.

Дополнительные сведения см. здесь.

Я адаптировал perl.m к python.m и приложил это для справки для других, но я не могу получить какой-либо вывод из сценариев Python, который нужно вернуть в переменную MATLAB :(

Вот мой M-файл; обратите внимание, я указываю прямо на папку Python, C:\python27_64, в моем коде, и это изменится в вашей системе.

function [result status] = python(varargin)
cmdString = '';
for i = 1:nargin
    thisArg = varargin{i};
    if isempty(thisArg) || ~ischar(thisArg)
        error('MATLAB:python:InputsMustBeStrings', 'All input arguments must be valid strings.');
    end
    if i==1
        if exist(thisArg, 'file')==2
            if isempty(dir(thisArg))
                thisArg = which(thisArg);
            end
        else
            error('MATLAB:python:FileNotFound', 'Unable to find Python file: %s', thisArg);
        end
    end
  if any(thisArg == ' ')
    thisArg = ['"', thisArg, '"'];
  end
  cmdString = [cmdString, ' ', thisArg];
end
errTxtNoPython = 'Unable to find Python executable.';
if isempty(cmdString)
  error('MATLAB:python:NoPythonCommand', 'No python command specified');
elseif ispc
  pythonCmd = 'C:\python27_64';
  cmdString = ['python' cmdString];  
  pythonCmd = ['set PATH=',pythonCmd, ';%PATH%&' cmdString];
  [status, result] = dos(pythonCmd)
else
  [status ignore] = unix('which python'); %#ok
  if (status == 0)
    cmdString = ['python', cmdString];
    [status, result] = unix(cmdString);
  else
    error('MATLAB:python:NoExecutable', errTxtNoPython);
  end
end
if nargout < 2 && status~=0
  error('MATLAB:python:ExecutionError', ...
        'System error: %sCommand executed: %s', result, cmdString);
end

РЕДАКТИРОВАТЬ :

Решил мою проблему, исходный perl.m указывает на установку Perl в папке MATLAB путем обновления < strong> PATH, а затем вызовите Perl. Вышеупомянутая функция указывает на мою установку Python. Когда я вызвал свой function.py файл, он находился в другом каталоге и вызвал другие файлы в этом каталоге. Они не отражены в PATH, и мне пришлось легко установить файлы Python в свой дистрибутив Python.

Малоизвестный (и немного задокументированный) факт о < a href = "http://en.wikipedia.org/wiki/MATLAB" rel = "nofollow"> system() функция MATLAB: в системах unixoid он использует любой интерпретатор, указанный в переменной окружения SHELL или MATLAB_SHELL во время запуска MATLAB. Итак, если вы запустите MATLAB с

SHELL='/usr/bin/python' matlab

любые последующие system() вызовы будут использовать Python вместо вашей оболочки по умолчанию в качестве интерпретатора.

Поскольку MATLAB легко интегрируется с Java, вы можете использовать Jython, чтобы написать сценарий и вызвать его из MATLAB (возможно, вам придется добавить тонкую чистую оболочку JKava, чтобы фактически вызвать код Jython). Я никогда не пробовал, но не понимаю, почему это не сработает.

Как сказал Даниэль, вы можете запускать команды python прямо из Matlab, используя py. команда. Чтобы запустить любую из библиотек, вам просто нужно убедиться, что Malab запускает среду python, в которую вы установили библиотеки:

На Mac:

• Откройте новое окно терминала;

• type: which python (чтобы узнать, где установлена ​​версия python по умолчанию);

• Перезагрузите Matlab;

• введите: pyversion ('/ anaconda2 / bin / python') в командной строке (очевидно, замените на свой путь).
• Теперь вы можете запустить все библиотеки в вашей установке python по умолчанию.

Например:

py.sys.version;

py.sklearn.cluster.dbscan

Это кажется подходящим методом для "туннелирования" функций из Python в MATLAB:

http://code.google.com/p/python-matlab-wormholes/

Поскольку Python является лучшим связующим языком, возможно, будет проще вызвать MATLAB часть вашей программы из Python, а не наоборот.

Ознакомьтесь с Mlabwrap.