Как использовать сгенерированные файлы Axis WSDL2Java?

Что касается Axis2: прочитайте эти ссылки, они содержат несколько примеров:

http://ws.apache.org/axis2/1_5_1/quickstartguide.html#clients
http://ws.apache.org/axis2/1_0/userguide3.html

EDIT: Что касается Axis1: он основан на JAX-RPC, и вам нужно создать экземпляр объекта-заглушки или использовать локатор службы, чтобы получить экземпляр-заглушку, и все операции WS будут в нем. Пример приведен здесь:

public class Tester {
  public static void main(String [] args) throws Exception {
    // Make a service
    AddressBookService service = new AddressBookServiceLocator();

    // Now use the service to get a stub which implements the SDI.
    AddressBook port = service.getAddressBook();

    // Make the actual call
    Address address = new Address(...);
    port.addEntry("Russell Butek", address);
  }
}

Обычно клиент не создает экземпляр заглушки в веб-службах, вы должны использовать локатор службы и вызывать метод get. Я не могу сказать по вашему вопросу, но если вы спрашиваете более общий вопрос «Где мне взять JavaDocs (или что-то подобное), чтобы лучше понять API», вам нужно будет указать, какой WS вы используете.

Руководство пользователя Axis