Это показалось мне действительно странным поведением, и я потратил некоторое время на поиск ошибок в своем коде, прежде чем нашел это.
"копирует из таблицы базы данных или представления в файл. Если вы укажете существующий файл, файл будет перезаписан. При извлечении данных обратите внимание, что утилита bcp представляет пустую строку как нулевую, а нулевую строку как пустую строку. " (из http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms162802.aspx)
Очевидно, это позволило мне решить мою проблему, но может ли кто-нибудь подумать или кто-нибудь знает причину, почему это так?