LaTeX и Knitr - Ошибка при вставке R-кода

У меня есть документ в следующей структуре.

\documentclass[11pt]{article}

\begin{document}
\title{Something}
\author{Andreas}
\date{May 8th, 2013} \maketitle

\section{Introduction}
\paragraph{...}

<<>>=
2+2
@

<<>>=
require('tm')
@

\begin{itemize}
  \item{asdf}
\end{itemize}

some text here.

\section{Intro}

More text.

\section{Other Stuff}

<<>>=
pdf <- readPDF(PdftotextOptions = '-layout')
@

<<eval=FALSE>>=
text <- pdf(elem = list(uri = file.name),
            language = 'en',
            id = 'id1')
@

\end{document}

Когда я запускаю следующую команду в R, я получаю следующую ошибку:

knit('test.rnw')

processing file: test.rnw
  |.......                                                          |  11%
  ordinary text without R code

  |..............                                                   |  22%
label: unnamed-chunk-1
Quitting from lines 12-13 (test.rnw) 
Error in pdf_doc(file, cache = FALSE) : 
  'file' must be a character string or a file/raw connection

Я не понимаю эту ошибку и не могу последовательно воспроизвести проблему. Я начал с чистого документа и добавил фрагменты кода R, которые отлично работают. Затем я дохожу до точки, когда он перестает правильно компилироваться. Затем кажется, что я могу удалить недавно добавленные фрагменты кода, но все равно получаю ту же ошибку.

Информация о сеансе:

R version 3.0.0 (2013-04-03)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)

locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252 
[2] LC_CTYPE=English_United States.1252   
[3] LC_MONETARY=English_United States.1252
[4] LC_NUMERIC=C                          
[5] LC_TIME=English_United States.1252    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] tm_0.5-8.3 knitr_1.2 

loaded via a namespace (and not attached):
[1] digest_0.6.3   evaluate_0.4.3 formatR_0.7    slam_0.1-28    stringr_0.6.2 
[6] tools_3.0.0

Какие-либо предложения? Пожалуйста, дайте мне знать, если потребуется дополнительная информация. Спасибо.


r knitr latex
person Andreas    schedule 07.05.2013    source источник

Ответы (1)


arrow_upward
4
arrow_downward

Ваш вопрос не совсем воспроизводим, но потенциально указывает на то, что происходит. У вас есть переменная file.name, которая передается команде pdf(), но Knitr не может ее найти. И я тоже не могу, когда пытаюсь запустить ваш код, так как он никогда не определен в документе Knitr.

Когда вы компилируете файл Knitr, R запускается с совершенно новой пустой средой. Если вы ранее установили file.name в своей рабочей области, вязание не загрузит его автоматически. Вам нужно будет установить его в чанке, прежде чем его можно будет использовать:

<<>>=
require('tm')
file.name <- #something#
@

Если вы загружаете файл, вам, возможно, придется поиграть с абсолютными путями или setwd(), чтобы заставить его работать.

Обновление:

Вы не пытаетесь фактически оценить text, поэтому неопределенный file.name не является проблемой. Я думаю, что основная проблема в том, что вы переименовываете встроенную функцию pdf(). Я получаю сообщение об ошибке при использовании pdf <- readPDF(PdftotextOptions = '-layout'), но оно последовательно компилируется, когда я использую другое имя переменной, например pdf.asdf <- readPDF(PdftotextOptions = '-layout').

person Andrew    schedule 07.05.2013
comment
Отличная догадка, и я уверен, что вы правы! Стоит отметить, что knitr имеет доступ к глобальной среде, если вы введете, скажем, knit2pdf() явно в консоли. Однако если вы используете кнопку «Скомпилировать PDF» в RStudio, он не сможет получить доступ к глобальной среде. - person Gregor Thomas; 07.05.2013
comment
В этом конкретном фрагменте я хочу отобразить псевдо-код R, фактически не оценивая его. Я могу ошибаться, но я думал, что использование опции eval=FALSE просто отобразит код R в формате Knitr без фактического запуска какой-либо команды. Вы правы, что в моем коде нет объекта с именем file.name. Я просто хотел описать синтаксис команды в этом фрагменте кода, фактически ничего не делая. - person Andreas; 07.05.2013
comment
У меня никогда не было этой проблемы раньше, но это имеет смысл. Отличный опыт обучения! Я изменил фрагмент, и теперь он отлично компилируется. Большое спасибо за вашу помощь, так как это вызвало огромную головную боль! - person Andreas; 07.05.2013