В каком формате PharData::extractTo извлекает файлы?

Это файл bzip2, но для его распаковки необходимо использовать опцию --stdout (или -c) (см. ниже).

Причина, по которой вам нужна опция --stdout, заключается в том, что файл не заканчивается расширением .bz2, что позволило бы bunzip2 определить результирующее имя файла для распаковки.

$ bunzip2 --stdout MIT-LICENSE.txt 2>/dev/null
Copyright (c) 2012 netz98 new media GmbH

http://www.netz98.de

Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining
a copy of this software and associated documentation files (the
"Software"), to deal in the Software without restriction, including
without limitation the rights to use, copy, modify, merge, publish,
distribute, sublicense, and/or sell copies of the Software, and to
permit persons to whom the Software is furnished to do so, subject to
the following conditions:

The above copyright notice and this permission notice shall be
included in all copies or substantial portions of the Software.

THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND,
EXPRESS OR IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF
MERCHANTABILITY, FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND
NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE
LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION
OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM, OUT OF OR IN CONNECTION
WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN THE SOFTWARE

Я понятия не имею, почему bunzip2 выводит следующую стандартную ошибку:

bzip2: Compressed file ends unexpectedly;
        perhaps it is corrupted?  *Possible* reason follows.
bzip2: Success
        Input file = MIT-LICENSE.txt, output file = (stdout)

It is possible that the compressed file(s) have become corrupted.
You can use the -tvv option to test integrity of such files.

You can use the `bzip2recover' program to attempt to recover
data from undamaged sections of corrupted files.

Как сообщает команда file, файл является действительным файлом bzip2 с размером блока 400 КБ:

$ file MIT-LICENSE.txt 
MIT-LICENSE.txt: bzip2 compressed data, block size = 400k

Я попытался добавить параметр -4 к bunzip2, но он все еще жалуется:

$ bunzip2 -d -4 -vvvvv -c  MIT-LICENSE.txt >/dev/null 
  MIT-LICENSE.txt: 
    [1: huff+mtf rt+rld {0x2010d4b9, 0x2010d4b9}]
    combined CRCs: stored = 0x2010d4b9, computed = 0x2010d4b9
    [1: huff+mtf 
bunzip2: Compressed file ends unexpectedly;
        perhaps it is corrupted?  *Possible* reason follows.
bunzip2: Success
        Input file = MIT-LICENSE.txt, output file = (stdout)

It is possible that the compressed file(s) have become corrupted.
You can use the -tvv option to test integrity of such files.

You can use the `bzip2recover' program to attempt to recover
data from undamaged sections of corrupted files.

поэтому я предполагаю, что причиной этой проблемы является программа, создающая эти файлы bzip2.

При использовании extractTo файлы сохраняются в том же формате, что и в архиве! Это может быть одно из следующих значений: none, gzip, bzip2.

Хотя вы, безусловно, можете сохранить их в этом формате, а затем попытаться как-то распаковать, я предлагаю следующее: Преобразуйте phar в несжатый phar и распакуйте этот архив!

Вот как:

<?php
$phar = new Phar('Someclass.phar');
$phar2 = $phar->convertToExecutable (Phar::TAR,Phar::NONE); //convert to an uncompressed tar archive
$phar2->extractTo('/some/path/'); // extract all files

Это даст вам все файлы без сжатия!