Сериализатор Protobuf-net для NEventStore 3+

Это полностью непроверенная догадка, основанная на очень беглом взгляде на github, но похоже, что вы хотите использовать API подключения для указания пользовательского сериализатора, например:

var store = Wireup.Init()
    .UsingSqlPersistence("Name Of EventStore ConnectionString In Config File")
        .InitializeStorageEngine()
        .UsingCustomSerialization(mySerializer)
    ... etc

где mySerializer — экземпляр типа, реализующего интерфейс ISerialize. Похоже, это должно работать:

class ProtobufSerializer : EventStore.Serialization.ISerialize
{
    public void Serialize<T>(Stream output, T graph)
    {
        ProtoBuf.Serializer.Serialize<T>(output, graph);
    }

    public T Deserialize<T>(Stream input)
    {
        return ProtoBuf.Serializer.Deserialize<T>(input);
    }
}

(поэтому очевидно, что mySerializer здесь будет new ProtobufSerializer())