Объект gi.repository.Gtk не имеет атрибута gdk.

Я думаю, что эквивалент gtk.gdk.threads_init() в старом стиле:

from gi.repository import Gdk
Gdk.threads_init()

Однако, как предупреждает часто задаваемые вопросы, многопоточность не является чистый способ достижения этой цели. Гораздо лучше использовать GObject.idle_add для запуска функции, когда графический интерфейс не используется.

"""Show a shell command's output in a gtk.TextView without freezing the UI"""

import os
import locale
import subprocess
import shlex
import gi.repository.Gtk as gtk
from gi.repository import GObject
PIPE = subprocess.PIPE

encoding = locale.getpreferredencoding()


def utf8conv(x):
    return unicode(x, encoding).encode('utf8')


class MyWindow:
    def __init__(self):
        sw = gtk.ScrolledWindow()
        sw.set_policy(gtk.PolicyType.AUTOMATIC, gtk.PolicyType.AUTOMATIC)
        textview = gtk.TextView()
        textbuffer = textview.get_buffer()
        sw.add(textview)
        win = gtk.Window()
        win.resize(300, 500)
        win.connect('delete-event', gtk.main_quit)

        self.button_sim = gtk.Button(u"Press me!")
        self.button_abort = gtk.Button("Abort")
        self.button_quit = gtk.Button("Quit")

        command = 'ls -R %s' % (os.getcwd(),)
        self.button_sim.connect(
            "clicked", self.on_button_clicked, textview, textbuffer, command)
        self.button_abort.connect("clicked", self.on_abort)
        self.button_quit.connect("clicked", self.main_quit)

        vbox = gtk.VBox()
        vbox.pack_start(self.button_sim, expand=False, fill=False, padding=0)
        vbox.pack_start(self.button_abort, expand=False, fill=False, padding=0)
        vbox.pack_start(self.button_quit, expand=False, fill=False, padding=0)
        vbox.pack_start(sw, expand=True, fill=True, padding=0)
        win.add(vbox)
        win.show_all()

    def read_output(self, view, buffer, command):
        yield True  # allow the UI to refresh
        proc = subprocess.Popen(
            shlex.split(command), stderr=PIPE, stdout=PIPE)
        while True:
            if self.job_aborted:
                print('user aborted')
                proc.terminate()
                break

            try:
                line = proc.stdout.readline()
                if line:
                    it = buffer.get_end_iter()
                    buffer.place_cursor(it)
                    buffer.insert(it, utf8conv(line))
                    view.scroll_to_mark(buffer.get_insert(), 0.1,
                                        use_align=False, xalign=0.5, yalign=0.5)

            except IOError:
                pass

            yield True

        yield False

    def on_button_clicked(self, button, view, buffer, command):
        self.job_aborted = False
        GObject.idle_add(self.read_output(view, buffer, command).next)

    def on_abort(self, button):
        self.job_aborted = True

    def main_quit(self, obj):
        self.job_aborted = True
        gtk.main_quit()


if __name__ == "__main__":
    app = MyWindow()
    gtk.main()

Поскольку вы используете gtk из gi.repository.Gtk, вы можете попытаться получить gdk аналогичным образом, но учтите, что его атрибут может отличаться от исходного gtk.gdk.

from gi.repository import Gdk as gdk