Я проанализировал свои данные, используя «статистику» пакета R (версия 2.15.3). Рецензент спросил меня, как правильно цитировать этот пакет, а не только общие
R Core Team (2012 г.). R: Язык и среда для статистических вычислений. R Foundation for Statistical Computing, Вена, Австрия. ISBN 3-900051-07-0, URL http://www.R-project.org/
Кто-нибудь знает, где я могу найти действительную цитату, чтобы вставить ее в свою статью? Спасибо
Рецензент ошибается:
citation("stats")
The ‘stats’ package is part of R. To cite R in publications use:
R Core Team (2013). R: A language and environment for statistical computing. R
Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria. ISBN 3-900051-07-0, URL
http://www.R-project.org/.
A BibTeX entry for LaTeX users is
@Manual{,
title = {R: A Language and Environment for Statistical Computing},
author = {{R Core Team}},
organization = {R Foundation for Statistical Computing},
address = {Vienna, Austria},
year = {2013},
note = {{ISBN} 3-900051-07-0},
url = {http://www.R-project.org/},
}
We have invested a lot of time and effort in creating R, please cite it when
using it for data analysis. See also ‘citation("pkgname")’ for citing R
packages.
citation() и citation("base") и citation("stats") и citation("graphics") и citation("grDevices"), одинаковы.
- person Kalin; 18.12.2014
Как указал hrbrmstr, функция для создания списка ссылок только загружена пакеты пригодятся. Поскольку он показал нам только пример, а не функцию, я сам написал ее, которую очень часто использую в научных исследованиях и статьях (иногда в сочетании с R Markdown).
citations <- function(includeURL = TRUE, includeRStudio = TRUE) {
if(includeRStudio == TRUE) {
ref.rstudio <- RStudio.Version()$citation
if(includeURL == FALSE) {
ref.rstudio$url <- NULL;
}
print(ref.rstudio, style = 'text')
cat('\n')
}
cit.list <- c('base', names(sessionInfo()$otherPkgs))
for(i in 1:length(cit.list)) {
ref <- citation(cit.list[i])
if(includeURL == FALSE) {
ref$url <- NULL;
}
print(ref, style = 'text')
cat('\n')
}
}
Так, например, после запуска
library(readr)
library(dplyr)
library(ggplot2)
library(knitr)
функция citations() будет печатать:
Команда RStudio (2016). RStudio: интегрированная среда разработки для R. RStudio, Inc., Бостон, Массачусетс. http://www.rstudio.com.
Основная команда R (2017). R: язык и среда для статистических вычислений. R Foundation for Statistical Computing, Вена, Австрия. https://www.R-project.org.
Се И (2016). knitr: пакет общего назначения для создания динамических отчетов в R. Пакет R версии 1.15.1, http://yihui.name/knitr.
Се И (2015). Динамические документы с R и вязанием, 2-е издание. Чепмен и Холл/CRC, Бока-Ратон, Флорида. ISBN 978-1498716963, http://yihui.name/knitr.
Се И (2014). «knitr: комплексный инструмент для воспроизводимых исследований в R». В Stodden V, Leisch F и Peng RD (eds.), Реализация воспроизводимых вычислительных исследований. Чепмен и Холл/CRC. ISBN 978-1466561595, http://www.crcpress.com/product/isbn/9781466561595.
Уикхэм Х (2009). ggplot2: элегантная графика для анализа данных. Спрингер-Верлаг Нью-Йорк. ISBN 978-0-387-98140-6, http://ggplot2.org.
Уикхем Х. и Франсуа Р. (2016). dplyr: Грамматика обработки данных. Пакет R версии 0.5.0, https://CRAN.R-project.org/package=dplyr .
Уикхэм Х., Хестер Дж. и Франсуа Р. (2016). readr: чтение табличных данных. Пакет R версии 1.0.0, https://CRAN.R-project.org/package=readr .
В нашей недавней книге мой соавтор и я цитировали R (в шапке), но также привлекли издателя чтобы мы также давали кредит за пакет:
Мы чувствовали, что важно обеспечить, чтобы те, кто выполнял работу, получали всеобщее признание.
(Я сделал это только комментарием, но не могу легко вставлять изображения таким образом, и я действительно не хотел где-то размещать img.)
Теперь есть удобный пакет grateful:
Цель благодарности — упростить цитирование пакетов R, используемых в любом отчете или публикации. Вызывая одну функцию, она просканирует проект на наличие используемых пакетов R и сгенерирует документ с цитатами в нужном формате вывода (Word, PDF, HTML, Markdown). Важно отметить, что эти ссылки могут быть отформатированы для конкретного журнала, чтобы мы могли просто вставить их непосредственно в библиографический список нашей рукописи или отчета.
https://github.com/Pakillo/grateful
Если пакет stats загружен, ссылку можно получить, выполнив:
library(grateful)
cite_packages()
— предполагая, что grateful уже установлен, запустив:
library(devtools)
install_github("Pakillo/grateful")
Мне нравится решение MS Berends, но мне нужна таблица с номерами версий, например этот ответ. Я также хотел избавиться от уценки, созданной format(citation(pkg), style = 'text'), чтобы я мог просто копировать и вставлять в MS Word.
require(pacman)
require(gt)
require(stringr)
require(dplyr)
get_package_citation_table <- function(){
appendix_packages <- data.frame(Package = character(),
Version = character(),
Maintainer = character(),
Citation = character())
for (pkg in p_loaded()){
appendix_packages <- appendix_packages %>% add_row(
Package = pkg,
Version = as.character(packageVersion(pkg)),
Maintainer = maintainer(pkg),
Citation = format(citation(pkg), style = 'text')
)
}
appendix_packages <- appendix_packages %>%
add_row(
Package = "RStudio",
Version = as.character(RStudio.Version()$version),
Maintainer = "",
Citation = format(RStudio.Version()$citation, style = "text")
) %>%
add_row(
Package = "R",
Version = paste(version$major,version$minor, sep="."),
Maintainer = "",
Citation = format(citation(), style = "text")
)
appendix_packages %>%
mutate( Citation = Citation %>% # strip out the markdown
str_replace_all("_","") %>%
str_replace_all("[*]", "") %>%
str_replace_all("<URL:", "") %>%
str_replace_all(">","")) %>%
arrange(Package)
}
t<- get_package_citation_table()
t %>% gt()
