Остановка дешифрования до того, как EOF выдаст исключение: заполнение недопустимо и не может быть удалено

Это исключение выдается во время Dispose(true). Выброс из Dispose уже является недостатком дизайна (https://docs.microsoft.com/en-us/visualstudio/code-quality/ca1065-do-not-raise-exceptions-in-unexpected-locations#dispose-methods), но это еще хуже, поскольку это исключение генерируется еще до закрытия основного потока.

Это означает, что все, что получает поток, который может быть криптопотоком, должен обойти это и либо сам закрыть базовый поток в блоке catch (по сути, требуется ссылка на что-то совершенно не связанное), либо каким-то образом предупредить всех слушателей, что поток все еще может быть открыт (например, «не пытайтесь удалить основной файл — он все еще открыт!»).

Нет, в моей книге это довольно большое упущение, и другие ответы, похоже, не затрагивают фундаментальную проблему. CryptoStream берет на себя ответственность за переданный поток, поэтому он берет на себя ответственность закрыть базовый поток до того, как управление покинет Dispose(true), конец истории.

В идеале он также никогда не должен вызывать ошибки при обстоятельствах, которые не являются действительно исключительными (например, «мы рано прекратили чтение, потому что расшифрованные данные имеют неправильный формат, и продолжать чтение — пустая трата времени»).

Наше решение было в основном таким (обновление: но имейте в виду - как указал Уилл Краузе в комментариях, это может оставить конфиденциальную информацию в приватных полях _InputBuffer и _OutputBuffer, к которым можно получить доступ через отражение. Версии 4.5 и выше в .NET Framework такой проблемы нет.):

internal sealed class SilentCryptoStream : CryptoStream
{
    private readonly Stream underlyingStream;

    public SilentCryptoStream(Stream stream, ICryptoTransform transform, CryptoStreamMode mode)
        : base(stream, transform, mode)
    {
        // stream is already implicitly validated non-null in the base constructor.
        this.underlyingStream = stream;
    }

    protected override void Dispose(bool disposing)
    {
        try
        {
            base.Dispose(disposing);
        }
        catch (CryptographicException)
        {
            if (disposing)
            {
                this.underlyingStream.Dispose();
            }
        }
    }
}

Насколько я понимаю, исключение выдается, когда последний прочитанный байт не является допустимым байтом заполнения. Когда вы намеренно закрываете поток досрочно, последний прочитанный байт, скорее всего, будет считаться «недопустимым дополнением», и будет выдано исключение. Поскольку вы намеренно заканчиваете, вы должны быть в безопасности, игнорируя исключение.

Close вызывает Dispose(true), который вызывает FlushFinalBlock, который выдает исключение, потому что на самом деле это не последний блок.

Вы можете предотвратить это, переопределив метод Close, чтобы он не вызывал FlushFinalBlock:

public class SilentCryptoStream : CryptoStream {
    public SilentCryptoStream(Stream stream, ICryptoTransform transform, CryptoStreamMode mode) :
        base(stream, transform, mode) {
    }

    public override void Close() {
        this.Dispose(false);
        GC.SuppressFinalize(this);
    }
}

(Вам также необходимо вручную закрыть базовый поток.)

допустимо ли проверять, является ли reader.EndOfStream ложным, а затем захватывать CryptographicException

Я думаю, это нормально.

Можно ли отключить прокладку?

// aes.Padding = PaddingMode.PKCS7;
aes.Padding = PaddingMode.None;

Мое решение состояло в том, чтобы в моем производном классе добавить это к моему переопределению Dispose (bool):

    protected override void Dispose(bool disposing)
    {
        // CryptoStream.Dispose(bool) has a bug in read mode. If the reader doesn't read all the way to the end of the stream, it throws an exception while trying to
        // read the final block during Dispose(). We'll work around this here by moving to the end of the stream for them. This avoids the thrown exception and
        // allows everything to be cleaned up (disposed, wiped from memory, etc.) properly.
        if ((disposing) &&
            (CanRead) &&
            (m_TransformMode == CryptoStreamMode.Read))
        {
            const int BUFFER_SIZE = 32768;
            byte[] buffer = new byte[BUFFER_SIZE];

            while (Read(buffer, 0, BUFFER_SIZE) == BUFFER_SIZE)
            {
            }
        }

        base.Dispose(disposing);
        ...

Убедившись, что поток всегда читается до конца, можно избежать внутренней проблемы в CryptStream.Dispose. Конечно, вам нужно сопоставить это с характером того, что вы читаете, чтобы убедиться, что это не окажет негативного влияния. Используйте его только против источника известной конечной длины.