Является ли это лазейкой в ​​предупреждениях/ошибках компилятора?

Нет, в этом нет ничего плохого. Поля могут перекрываться, поэтому LayoutKind.Explicit существует в первую очередь. Это позволяет объявить эквивалент union в неуправляемом коде, который иначе не поддерживается в C#. Вы не можете внезапно прекратить использование [FieldOffset] в объявлении структуры, среда выполнения настаивает на том, чтобы вы использовали его для всех членов структуры. Не является технически необходимым, но является простым требованием, позволяющим избежать неправильных предположений.

кажется, что все ссылочные (объектные) поля в SB перемещены

Да, это нормально. CLR размещает объекты недокументированным и недоступным для обнаружения способом. Точные правила, которые он использует, не задокументированы и могут быть изменены. Это также не будет повторяться для разных джиттеров. Макет не становится предсказуемым до тех пор, пока объект не будет маршалирован, вызовом Marshal.StructureToPtr() или неявным образом упаковщиком pinvoke. Это единственный раз, когда точная компоновка имеет значение. Я написал о причинах такого поведения в этом ответе.

Ответ на первый вопрос — нет, в сообщениях об ошибках компилятора нет лазейки или ошибки. Если вы начнете делать явную компоновку, компилятор будет считать, что вы знаете, что делаете (в определенных пределах — см. ниже). Вы сказали ему накладывать одну структуру поверх другой. Компилятор не заботится (и не должен) о том, что структура, которую вы накладываете, также не выложена явно.

Если бы компилятору было это важно, вы бы не смогли наложить любой тип, который не был явно указан, а это означает, что вы не могли бы выполнить объединение в общем случае. Рассмотрим, например, попытку наложения DateTime и long:

[StructLayout(LayoutKind.Explicit)]
struct MyUnion
{
    [FieldOffset(0)]
    public bool IsDate;
    [FieldOffset(1)]
    public DateTime dt;
    [FieldOffset(1)]
    public long counter;
}

Это не скомпилировалось бы, если бы DateTime не было указано явно. Вероятно, это не то, что вы хотите.

Что касается размещения ссылочных типов в явно выложенных структурах, ваши результаты будут... вероятно, не такими, как вы ожидали. Рассмотрим, например, этот простой бит:

struct MyUnion
{
    [FieldOffset(0)]
    public object o1;
    [FieldOffset(0)]
    public SomeRefType o2;
}

Это сильно нарушает безопасность типов. Если он скомпилируется (что вполне возможно), он умрет с TypeLoadException, когда вы попытаетесь его использовать.

Компилятор не позволит вам нарушить безопасность типов, где это возможно. Я не знаю, знает ли компилятор, как обрабатывать эти атрибуты и размещать структуру, или он просто передает информацию о макете среде выполнения через сгенерированный MSIL. Вероятно, последнее, учитывая ваш второй пример, где компилятор разрешил определенный макет, но среда выполнения взорвалась с TypeLoadException.

Поиск в Google по [structlayout.explicit reference types] выявил несколько интересных дискуссий. См., например, Наложение нескольких полей ссылок CLR друг на друга в явной структуре?.